革兰氏阳性菌引起的下列各种感染性疾病：
扁桃体炎、化脓性中耳炎、鼻窦炎等。
急性支气管炎，慢性支气管炎急性发作、肺炎、肺脓肿和支气管扩张合并感染等。
皮肤和软组织感染：疖、痈、脓肿、蜂窝组织炎、创伤、烧伤和手术感染等。
泌尿系统感染，急性尿道炎、急性肾盂肾炎、前列腺炎等。
其他：骨髓炎、败血症、腹膜炎和口腔感染等。
厌氧菌引起的各种感染性疾病：
脓胸、肌脓肿、厌氧菌性肺炎。
皮肤和软组织感染、败血症。
腹腔内感染：腹膜炎、腹腔内脓肿。
女性盆腔及生殖器感染：
成人：
深部肌内注射或静脉滴注给药。
中度感染：0.6-1.2g/日，分2-3次。
严重感染：1.2-2.7g/日，分2-3次。或遵医嘱。
儿童：
肌内注射或静脉滴注给药。
中度感染：15-25mg/kg/日，分2-3次。
严重感染：25-40mg/kg/日，分2-3次或遵医嘱。
静脉滴注将本品0.3g用100ml生理盐水或5%葡萄糖液稀释，静脉滴注30分钟。国外文献显示，克林霉素磷酸酯注射剂不良反应情况如下：
胃肠道反应：
常见恶心、呕吐、腹痛、腹泻等；严重者有腹绞痛、腹部压痛、严重腹泻(水样或脓血样)，伴发热、异常口渴和疲乏(假膜性肠炎)。腹泻、肠炎和假膜性肠炎可发生在用药初期，也可发生在停药后数周。
血液系统：
偶可发生白细胞减少、中性粒细胞减少、嗜酸性粒细胞增多和血小板减少等；罕见再生障碍性贫血。
过敏反应：
可见皮疹、瘙痒等，偶见荨麻疹、血管性水肿和血清病反应等，罕见剥脱性皮炎、大疱性皮炎、多形性红斑和Steven-Johnson综合征。
肝、肾功能异常，如血清氨基转移酶升高、黄疸等。
静脉滴注可能引起静脉炎；肌内注射局部可能出现疼痛、硬结和无菌性脓肿。
其他：耳鸣、眩晕、念珠菌感染等。
本品与青霉素、头孢菌素类抗生素无交叉过敏反应，可用于对青霉素过敏者。
本品与氨苄青霉素、苯妥英、巴比妥盐酸盐、氨茶碱、葡萄糖酸钙及硫酸镁可产生配伍禁忌；与红霉素呈拮抗作用，不宜合用。
肝、肾功能损害者及小于4岁儿童慎用，孕妇及哺乳妇女使用本品应权衡利弊。
如出现伪膜性肠炎，选用万古霉素口服0.125-0.5g,每日4次，进行治疗。
有文献报道，为防止剂量过大，单次输注剂量不应超过1.2g，若加大剂量则应分次使用。
极少数病人出现血尿，多与给药剂量过大、给药速度过快有关，经治疗后一般可恢复。
本品可增强吸入性麻醉药的神经肌肉阻断现象，导致骨骼肌软弱和呼吸抑制或麻痹 (呼吸暂停)，在手术中或术后合用时应注意。以抗胆碱酯酶药物或钙盐治疗可望有效。
本品与抗蠕动止泻药、含白陶土止泻药合用，在疗程中甚至在疗程后数周有引起伴严重水样腹泻的假膜性肠炎可能。因可使结肠内毒素延迟排出，从而导致腹泻延长和加剧，故本品不宜与抗蠕动止泻药合用。与含白陶土止泻药合用时，本品的吸收将显著减少，故两者不宜同时服用，需间隔一定时间 (至少2小时)。
本品具神经肌肉阻断作用，可增强神经肌肉阻断药的作用，两者应避免合用。本品与抗肌无力药合用时将导致后者对骨骼肌的效果减弱，为控制重症肌无力的症状，在合用时抗肌无力药的剂量应予调整。
氯霉素或红霉素在靶位上均可置换本品，或阻抑本品与细菌核糖体50S亚基的结合，体外试验显示本品与红霉素具拮抗作用，故本品不宜与氯霉素或红霉素合用。
与阿片类镇痛药合用时，本品的呼吸抑制作用与阿片类的中枢呼吸抑制作用可因相加而有导致呼吸抑制延长或引起呼吸麻痹 (呼吸暂停) 的可能，故必须对病人进行密切观察或监护。
本品不宜加入组份复杂的输液中，以免发生配伍禁忌。
遗传毒性：
Ames沙门菌属回复突变试验和大鼠微核试验结果均为阴性。
生殖毒性：
大鼠经口给予本品剂量为300mg/kg，未见对动物交配和生育力有影响。大鼠和小鼠分别经口给予克林霉素剂量高达600mg/kg或皮下注射剂量为250mg/kg，结果未见有致畸胎作用。然而，尚无在妊娠妇女上进行充分和严格的临床研究，动物的生殖研究并不能完全预测人类的反应，只有在明确需要时，本品才能用于怀孕期。