我院感染科采用一、二、三线抗结核药物，针对病人实际情况制定个体化方案治疗结核病，对复治、难治性结核病的诊治处于地区领先水平;采用抗病毒等综合治疗多种传染性病毒肝炎。使用以控制高热、抽搐、纠正呼吸衰竭为主的综合治疗方案控制流行性乙型脑炎，大大提高了抢救成功率。对发热待查等疑难病例有独到的研究。常规开展了大便培养及结肠镜检查，明确急、慢性腹泻病因，采取综合治疗取得良好疗效。对小儿麻疹、风疹、水痘、腮腺炎、破伤风等所有感染性疾病的诊治均具有丰富的临床经验。分院同时肩负着三峡库区感染性疾病的治疗、预防工作，是三峡库区重大疫情救治及扑灭的重要医疗基地。