北京儿童医院中医科成立至今已有40余年的历史，在院领导的领导与支持下，不断发展壮大，目前全科有医技护人员66人，设有两个病区80张床位，一个门诊（包括专家、专业、普通门诊）；8个专业门诊（包括脾胃专业、结缔专业、小儿妇科专业、气管炎专业、乳儿肝炎专业、紫癜专业、多动症专业、皮肤专业等）、一个治疗中心（小儿脾胃病诊疗中心），该中心是全国小儿脾胃病诊疗中心。此外科内还配置有胃镜室、胃肠电图检查室、心电图室、中医实验室。中医科一直是北京市四大中医药研究基地之一，又是首都医科大学中西医儿科硕士生培养基地，北京市综合医院示范中医科。 中医科技术力量雄厚，既有德高望重的全国名老中医，也有经验丰富的主任医师、副主任医师、中医师，以及中西医结合专家，年门诊量高达10万人次，临床疗效显著，复诊病人多，尤其对一些常见病症疑难病症采用中西医结合方法治疗，疗效好作用快，深受病人与家长的欢迎。本科室近十年发展迅速，人才辈出，医、教、研工作均取得较大成绩。医疗特色是在抓小儿常见病的基础上，对日益增多的小儿脾胃病、小儿结缔组织病及小儿妇科疾病进行逐渐深入的研究，并取得较好成绩，在临床科研工作中亦成绩斐然，先后获得国家科技成果奖三项，北京市科技成果奖五项，目前还承担多项北京市科研项目，一项北京市重点学科项目，医、教、研综合水平在全国中医儿科界达到领先水平。