儿科是医院早期设立的科室之一，也是皖南医学院招收硕士学位研究生的教研室之一。儿科现有医师21人，护士24人，其中主任医师4人，副主任医师9人，主治医师4人，具有硕士学位4人，硕士生导师2人。儿科现有病床67张，拥有设备完善的新生儿ICU病房和小儿哮喘门诊，常规开展小儿先心病的介入治疗及先天性遗传代谢病的早期筛查。

新生儿肺不张 先天性心脏病 先天性膈疝 新生儿呕血和便血 小儿脂肪吸收不良 小儿糖原贮积病Ⅵ型 小儿癫痫 线粒体脑肌病 小儿新变异型克罗伊茨费尔特-雅各布病 急性播散性脑脊髓炎 

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