该科建立于1983年，设有肛肠病区，科室拥有多种检查、治疗、教学设备。能够开展肛肠功能检测、钡剂灌肠、照影等项目。现有中华中医药学会肛肠学会委员吉强主任为带头人。该科可开展“一次性肛周脓肿根除术”、“复杂性肛瘘开窗留桥术”、“复杂性肛瘘U型切除术”、“直肠前突结扎粘连术”、“直肠脱垂三联术”、“PPH”等多种手术方式。出版《现代肛门直肠病学》。主要治疗各种痔疮、肛裂、肛瘘、肛周脓肿、肛隐窝炎、直肠息肉、顽固性便秘等。该科特色是用先进的医疗设备和中医治疗方法相结合，大大提高了肛肠病诊断率和治疗率。突出中西医优势，力创知名专科。