本科室主要以传统蒙医药技术治疗风湿、类风湿、胃病、肝胆疾病、神经性头痛、心血管病、脑出血、高血压、糖尿病、呼吸系统疾病等。尤其对布氏杆菌病、脑囊虫病的治疗有独特效果。此外，蒙西医结合并借鉴现代医学监测手段的综合治疗方法治疗急性心梗、急性心功能衰竭、呼吸衰竭、急性消化道出血、肝昏迷、糖尿病酮症酸中毒、脑出血、出血热等均取得满意疗效。

胆源性急性胰腺炎 先天性胸腹裂孔疝 外伤性低颅内压综合征 硼酸中毒 支气管发育不全 脑室内脑膜瘤 脑出血 重症肌无力 多发性硬化 运动神经元病