综合传染病科，组建于1982年3月，承担着扬州及周边县市除肝病、结核病以外的各种急慢性传染病的收治任务。2003年胜利完成“非典”防治任务。该科目前有副主任医师2人，主治医师3人，形成了各型肝炎、急性传染病(包括流行性乙型脑炎、流行性脑脊髓膜炎、伤寒、痢疾、霍乱、水痘、猩红热、麻疹、百日咳、流行性腮腺炎等)收治的诊疗特色。

潜伏梅毒 艾滋病人的急性阑尾炎 脑膜炎 结核性脑膜炎 急性播散性脑脊髓炎 脑型血吸虫病 脑型肺吸虫病 莱姆病 囊性肾病 肠结核