巴东县中医医院初建于1953年4月时由城关地区散在的9名个体医生集资入股在老城解放街55号租用民房组建城关镇中医联合诊所1956年扩充组建县中医联合医院移址中山街43号11月1日改为巴东县中医医院1961年9月7日恢复为巴东县中医联合医院1970年对原有病房翻修有职工29人1971年11月30日县中医联合医院并入县人民医院扩充其中医科 
   1983年6月县人民政府批准重新筹建巴东县中医医院县财政局县卫生局拔开办费3万元抽调医药人员17人借用恩施地区农机公司转运仓库（老城葵花街23号）8月8日正式开业 
1985年6月又租用鄂西州食品公司巴东站房屋一栋开设病床20张时有职工35人1989年三峡工程移民迁建启动投资80万元在新城黄土坡金堂路新建砖混结构住院综合楼一栋面积2700平方米1990年正式迁入 
   1991年至1995年间因遭受自然灾害市场竞争激烈业务收入步入低谷人均工资只能发60%职工情绪低落人心思走调离“下海”发展受到制约1995年7月在县委县政府县卫生局重视下充实调整领导班子出台发展方案整改措施提出“医疗是中心医德是灵魂质量是生命质控是关键科研是先导”的建院原则；以抓改革促活力抓管理求生存抓基础求发展抓质量求效益为目标组织中层以上干部走出院门到本省10多家医疗单位参观取经修改各类管理制度108条优惠政策20条职工积极性大为增强两个效益明显提高1996年卫生改革深化医院分级管理启动经全院职工3年不懈努力1998年10月顺利通过省“二甲”评审团验收成为国家“二级甲等中医医院” 
   因黄土坡属深层地质滑坡区县中医院1998年度在新城西壤坡楚天路征地9.53亩新建职工宿舍一栋共28套投资400万元新建6300平方米业务综合大楼一栋投资800万元2004年5月18日全院迁入新址 
   2003年该院为全县事业单位人事制度改革试点按照国务院省州县要求全院职工变身份管理为岗位管理变行政管理为合同管理人员能进能出职称职务能上能下待遇能升能降使职工认识到“今天不爱岗明天就下岗今天不敬业明天就失业”的紧迫感 
   在两个文明与医德医风建设中始终坚持“两手抓两手硬”的方针自1996年开展精神文明创建活动以来开展了“三学三爱三优”争创“五好班子”“青年文明能手”“十佳护士”活动免费接诊病人5000余人送药下乡免除药费3万余元为溪丘湾乡石羊山村邦扶点送办公用品药品器械3500元2004年在“关爱女孩”活动中为信陵镇地区3位生育一胎女孩的农户送人寿保险3000元为困难群众送温暖献爱心2004年2月21日青年护士王飞越病危时留下遗嘱自愿捐献眼角膜全国多家新闻媒体报道了她的事迹引起社会强烈反响州卫生局领导率州直卫生系统负责人专程来院召开学习王飞越座谈会县委宣传部县总工会县妇联发出向王飞越学习的号召县卫生局号召全县卫生系统学习该院以演讲会报告会座谈会等形式开展向王飞越学习热潮将内儿科护理组命名为“飞越护理小组”11月武汉市残联武汉艾格眼科医院巴东县残联与该院联合举办纪念王飞越“助困复明”工程启动仪式免费为20例白内障患者施行手术 
   在业务建设中坚持“以人为本科技强院发展专科特色走中西医结合”方针每年选送业务骨干到武汉同济医院协和医院省中医医院中南医院等进修学习将引进人才与培养人才相结合技术实力大为加强近年来成功开展了桥脑肿瘤摘除术肝叶切除术肺叶切除术乳腺癌根治术椎间盘切除术等大型高难度手术改变了中医院只能看“小病”不能看“大病”只能看平诊不能治急诊只能清创缝合不能做手术的局面