在常用剂量下，本品耐受性好，但有时也可能出现以下不良反应：
消化系统：腹泻、恶心、呕吐、食欲缺乏，偶有口干、唇炎、腹痛、腹胀、便秘、胃炎、麻痹性肠梗阻，罕见胃肠道出血、胃溃疡、舌炎等。
血液：可出现白血球减少、血红蛋白降低，偶尔出现血小板减少、贫血等症状。
肝脏：偶见GOT、GPT、ALP、BIL等升高。
肾脏：偶见BUN上升、血尿、蛋白尿、尿频等症状。
精神神经系统：偶有出现倦怠感、头晕、头痛、思睡、耳鸣、脚步不稳、定向障碍，嗅觉倒错，口齿不清，味觉减弱等症状，尚有类似化合物（卡莫夫等）引起脑白质症的报道。
皮肤：偶有出现色素沉着、瘙痒感、毛发脱落，罕见指、趾甲异常和皮炎等。
循环系统：罕见胸部压迫感、心悸、心电图异常（ST段升高）等症状。
过敏反应：偶有出现皮疹，罕见光过敏、湿疹、荨麻疹等过敏反应。
其他：有时出现发热、咽喉部不适感、眼睛疲劳等症状。
以下患者禁用：
骨髓机能抑制的患者；
肝功能障碍的患者；
肾功能障碍的患者；
并发感染的患者；
心脏疾患或有心脏病既往史的患者；
水痘患者（有可能导致致命性的全身障碍）；
儿童；
消化道溃疡或出血的患者。
一般注意事项：
可能会引起骨髓机能抑制等严重副作用，因此需多次进行临床检查（血液、肝、肾功能检查），充分观察患者的状态，发现异常时减量、停药并给予适当处理。
可能会引起严重的肠炎（出血性肠炎、缺血性肠炎、坏死性肠炎）和脱水，密切注意病人的状况。当发生严重的腹部疼痛，腹泻和其他症状时，立即停药并对症治疗，当发生脱水时，应当采取适当的治疗，如补液治疗。
充分注意感染症状、出血倾向的发生及恶化。
儿童用药时，要特别注意副作用的发生，慎重用药。
儿童以及生育年龄患者用药时，需考虑对性腺的影响。
妇女哺乳期的用药：
据动物实验（小鼠）报告，本品有致畸作用，对妊娠的妇女最好不要用药。
据动物实验（小鼠）报告，药物会进入乳汁，因此哺乳期服药时，应停止哺乳。
对儿童用药：对早产儿、新生儿、乳婴或儿童的安全性尚未确定（无使用经验）。
其他：
有报导在国外静脉用药时，引起胸痛、心电图异常（ST段升高，T波倒置等）现象。
有报导对狗大量（10mg/kg以上）经口投入去氧氟尿苷时，脑实质内出现异常病变，脑脊髓出现小出血灶。
