在常用剂量下，有时可出现以下不良反应：
消化系统：腹泻、恶心、呕吐、食欲不振，偶有口干、唇炎、腹痛、腹胀、便秘、胃炎、麻痹性肠梗阻，罕见胃肠道出血、胃溃疡、舌炎等。
血液：可出现白细胞减少、血红蛋白降低，偶见出现血小板减少、贫血等。
肝脏：偶见GOT、GPT、ALP、BIL等升高。
肾脏：偶见BUN上升、血尿、蛋白尿、尿频等症状。
精神神经系统：偶有出现倦怠感、头晕、头痛、思睡、耳鸣、脚步不稳、定向障碍，嗅觉倒错，口齿不清，味觉减弱等，尚有类似化合物（卡莫夫等）引起脑白质症的报道。
皮肤：偶有出现色素沉着、瘙痒感、毛发脱落，罕见指、趾甲异常和皮炎等。
循环系统：罕见胸部压迫感、心悸、心电图异常（ST段升高）等。
过敏：偶有皮疹，罕见光过敏、湿疹、荨麻疹等。
其他：有时出现发热、咽喉部不适感、眼睛疲劳等。
骨髓机能抑制的患者；
肝功能障碍的患者；
肾功能障碍的患者；
并发感染的患者；
心脏疾患或有心脏病既往史的患者；
水痘患者（有可能导致致命性的全身障碍）；
儿童；
消化道溃疡或出血的患者。
一般注意事项：
可能会引起骨髓机能抑制等严重副作用，因此需多次进行临床检查（血液、肝、肾功能检查），充分观察患者的状态，发现异常时减量、停药并给予适当处理。
可能会引起严重的肠炎（出血性肠炎、缺血性肠炎、坏死性肠炎）和脱水，密切注意病人的状况。当发生严重的腹部疼痛，腹泻和其他症状时，立即停药并对症治疗，当发生脱水时，应当采取适当的治疗，如补液治疗。
充分注意感染症状、出血倾向的发生及恶化。
儿童用药时，要特别注意副作用的发生，慎重用药。
儿童以及生育年龄患者用药时，需考虑对性腺的影响。
妇女哺乳期的用药：
据动物实验（小鼠）报告，本品有致畸作用，对妊娠的妇女最好不要用药。
据动物实验（小鼠）报告，药物会进入乳汁，因此哺乳期服药时，应停止哺乳。
对儿童用药：对早产儿、新生儿、乳婴或儿童的安全性尚未确定（无使用经验）。
其他：
有报导在国外静脉用药时，引起胸痛、心电图异常（ST段升高，T波倒置等）现象。
有报导对狗大量（10mg/kg以上）经口投入去氧氟尿苷时，脑实质内出现异常病变，脑脊髓出现小出血灶。
抗病毒剂索立夫定（Sorivudine）与氟尿嘧啶类药物（FT-207. 去氧氟尿苷、5-FU）合并使用，氟尿嘧啶类药物的代谢会受阻碍而引起严重的血液障碍，故不应合并使用。
禁止与FT-207. Gimestat、Otastat钾类化合物等合并使用。因为去氧氟尿苷治疗的前期阶段将会引起严重的血液障碍和消化系统紊乱，如出现腹泻、口腔炎等，而上述药物会抑制5-氟尿嘧啶的代谢产物，从而使血液中5-氟尿嘧啶的浓度显著提高。所以应禁止合并使用，并在中止使用上述药物至少一周（7天）后才能用去氧氟尿苷进行治疗。
合并用药注意事项：与其它抗恶性肿瘤药物合并使用时，可引起如血液障碍、消化系统紊乱等严重不良反应，所以应对患者进行定期监测，发现异常后应适当减量或中止治疗。否则二者将产生严重不良反应。
家犬研究表明，经口给予本品单剂量达10mg/kg时，大脑实质出现海绵状改变，而大脑和脊髓产生小块出血病灶。
大鼠研究结果表明，本品致畸性。给药剂量为50mg/kg/天时，胎鼠出现骨骼畸形和钙化廷迟等。大鼠研究表明，本品可通过乳汁分泌。