在常用剂量下，本品耐受性好，但有时也可能出现以下不良反应：
消化系统：腹泻、恶心、呕吐、食欲不振，偶有口干、唇炎、腹痛、腹胀、便秘、胃炎、麻痹性肠梗阻，罕见胃肠道出血、胃溃疡、舌炎等；
血液：可出现白血球减少、血红蛋白降低，偶尔出现血小板减少、贫血等症状。
肝脏：偶见GOT、GPT、AI-P、BIL等升高。
肾脏：偶见BUN上升、血尿、蛋白质、尿频等症状。
精神神经系统：偶有出现倦怠感、头晕、头痛、嗜睡、耳鸣、脚步不稳，定向障碍，嗅觉倒错，口齿不清，味觉减弱等症状，尚有类似化合物（卡莫夫等）引起脑白质症的报道.
皮肤：偶有出现色素沉着、瘙痒感、毛发脱落，罕见指、趾甲异常和皮炎等。
循环系统：罕见胸部压迫感、心悸、心电图异常（ST段升高）等症状。
过敏症：偶有皮疹，湿疹、荨麻疹，罕见光过敏。
其他：有时出现发热、咽喉部不适感、眼睛疲劳等症状。
对以下患者慎重用药：
一般注意事项：
可能会引起骨髓机能抑制等严重副作用，因此需多次进行临床检查（血液、肝、肾功能检查），充分观察患者的状态、症状、体征，发现异常时减量、停药并给予适当处理。
可能会引起严重的肠炎（出血性肠炎，缺血性肠炎，坏死性肠炎）和脱水，密切注意病人的症状、体征。当发生严重的腹部疼痛，腹泻和其他症状时，立即停药并对症治疗，当发生脱水时，应采取适当的治疗，如补液治疗。
充分注意感染症状、出血倾向的发生及恶化。
儿童用药时，要特别注意副作用的发生，慎重用药。
儿童以及生育年龄患者用药时，需考虑到对性腺的影响。
有报导在国外静脉用药时，引起胸痛、心电图异常（ST段上升，T波倒置等）现象。
急性毒性：试验测得小鼠灌胃给药及腹腔注射的LD50值分别为2.45g/kg和4.20g/kg,其95%的可信限分别为2.175-2.770g/kg及4.014-4.401g/kg。
亚急性：口服本品13周15、35、85、200mg/kg/日，85mg/kg以上出现胸腺重量减少，200mg/kg体重增加抑制、障碍性尿蛋白、胸腺和精巢缩小等。
慢性毒性：口服本品26周15、35、85、200mg/kg/日，85mg/kg以上出现胸脱毛，障碍性尿蛋白，200mg/kg体重增加抑制、出血、核细胞数减少、肿胀、胸腺缩小等。
生殖毒性：妊娠前和妊娠初口服本品25、50、100mg/kg日，50mg/kg以上胎儿出现骨骼变异。器官形成期服用本品，50mg/kg以上胎儿出现骨骼变异骨化延迟、外形异常等，100mg/kg以上生存率低下，哺乳期服用本品25、50、100mg/kg/日，新生儿出现异常。
其他：有报导对狗大量（10mg/kg以上）经口投入去氧氟尿苷时，脑实质内出现异常病变，脑脊髓出现小出血灶。