可发生腹痛，腹泻、恶心、呕吐等消化道反应。其发生率在10%以下。
偶见皮疹等过敏反应。
早产儿及新生儿中尚未发现有“灰婴综合征”者。仅有个例报道有出现短暂性皮肤和面色苍白。
本品亦可引起造血系统的毒性反应，主要表现为可逆性红细胞生成抑制，白细胞减低和血小板减低；发生再生障碍性贫血者罕见。
中枢神经系统反应主要表现为头痛、嗜睡、头晕和周围神经炎，视觉减退、痛觉过敏等，脚部反应较手更严重，停药后可恢复。
患者在治疗过程中应定期检查周围血象，疗程较长者尚需检查网织细胞计数，以及时发现血液系统不良反应。
肾功能不全者甲砜霉素排出减少，体内可有蓄积倾向，应减量应用。
老年患者用药应根据肾功能调整用药。
抗癫痫药（乙内酰脲类）。由于本品可抑制肝细胞微粒体酶的活性，导致此类药物的代谢降低，或本品替代该类药物的血清蛋白结合部位，均可使药物的作用增强或毒性增加，故当与本品同用时或在其后应用须调整此类药物的剂量。
本品与降血糖药（如甲苯磺丁脲）同用时，由于蛋白结合部位被替代，可增强其降糖作用，因此需调整该类药物剂量。格列吡嗪和格列苯脲的非离子结合特点受影响较其他口服降糖药为小，但两者合用时仍须谨慎。
长期口服含雌激素的避孕药者同时服用本品时，可使避孕的可靠性降低，以及经期外出血增加。
由于本品可具有维生素B。拮抗剂的作用或使后者经肾排泄量增加，可导致贫血或周围神经炎。因此本品与维生素B6同用时后者的剂量应适当增加。
本品可拮抗维生素B12的造血作用，因此两者不宜同用。
与某些骨髓抑制药合用时，可增强骨髓抑制作用，抗肿瘤药物、秋水仙碱、羟基保泰松、保泰松和青霉胺等均属此类药物。同时进行放射治疗时，亦可增强骨髓抑制作用，须调整骨髓抑制剂或放射治疗的剂量。
本品如在术前或术中应用时，由于其对肝酶的抑制作用，可降低诱导麻醉药阿芬他尼的清除，延长其作用时间。
苯巴比妥、利福平等肝药酶诱导剂与本品同用时，可增强本品的代谢，致甲砜霉素血药浓度降低。
林可霉素类可替代或阻止本品与细菌核糖体的50S亚基的结合，两者同用可发生拮抗作用，因此不宜联合应用。
