克拉霉素适用于对其敏感的致病菌引起的感染，包括：
下呼吸道感染（如支气管炎、肺炎）；
上呼吸道感染（如咽炎、窦炎）；
皮肤及软组织感染（如毛囊炎、蜂窝组织炎、丹毒）；
由鸟型分支杆菌或细胞内分支杆菌引起的局部或弥散性感染。由海龟分支杆菌、意外分支杆菌或堪萨斯分支杆菌引起的局部感染。
克拉霉素适用于CD4淋巴细胞数小于或等于100/mm3的HIV感染的病人预防由弥散性鸟型分支杆菌引起的混合感染。
存在胃酸抑制剂时，克拉霉素也适用于根除幽门螺杆菌，从而减少十二指肠溃疡的复发。
牙源性感染的治疗。
克拉霉素的成人推荐剂量为每日两次，每次一片。严重感染时，剂量增加为每次二片每日两次。疗程为5-14天，获得性肺炎和窦炎疗程为6-14天。
肾损害病人肌酐清除率小于30ml/min时，克拉霉素剂量减半，即每次一片每日一次或严重感染每次一片每日两次。且连续治疗不得超过14天。
分支杆菌感染病人的成人推荐剂量为每次二片每日两次。对AIDS病人弥散性MAC感染的治疗应持续至临床显效，克拉霉素应合用其它抗分支杆菌的药物。
治疗非结核分支杆菌感染的也应连续用药。
预防MAC的推荐剂量为成人每次二片每日两次。
治疗牙源性感染的剂量为克拉霉素每次一片，每日两次，服用5天。
清除幽门螺杆菌感染的推荐剂量为：
三联用药：克拉霉素500mg 每日二次，兰索拉唑30mg每日二次和阿莫西林1000mg每日二次治疗10天；克拉霉素500mg每日二次，阿莫西林1000mg每日二次和奥美拉唑20mg每日二次治疗7-10天。
二联用药：克拉霉素500mg每日三次和奥美拉唑每日40mg治疗14天后，再奥美拉唑每日20mg或40mg治疗14天；克拉霉素500mg 每日三次合用兰索拉唑每天60mg治疗14天，为使溃疡完全治愈，需再服胃酸抑制剂。临床研究中，成人最常见的不良反应是胃肠不适，如恶心、消化不良、腹痛、呕吐和腹泻，其它不良反应包括头痛、味觉异常和肝酶短暂升高。
很少有报道称，克拉霉素造成肝功能异常，如肝酶升高，黄疸或无黄疸的肝细胞性和/或胆汁淤积性（药物性）肝炎，这种异常可能会很严重但经常是可逆转的。极少数有肝坏死的报道，且多与严重疾病和/或同服其它药物有关。罕见胰腺炎和惊厥报告。
极少病例引起血清肌酐浓度升高，但原因不明。
口服克拉霉素，曾有发生过敏反应报告，轻者为荨麻疹和轻度发疹，重者为过敏和Stevens-Johnson氏综合症或毒性表皮坏死松解。曾有发生短暂性中枢神经系统的不良反应报告，包括头昏、眩晕、焦虑、失眠、噩梦、耳鸣、意识模糊、定向力障碍、幻觉和精神病，但因果关系不清楚。
有报告表明，克拉霉素会导致可逆转的失聪、味觉改变和味觉失调。
克拉霉素治疗期间，会发生舌炎、胃炎、口腔念珠菌病和舌无色。也有牙变色的报告，但牙变色可通过专业牙科逆转。
极少有发生低血糖症的报告，有些是同服降血糖药或胰岛素造成。
极少会发生白血球和血小板减少症。
与其它大环内酯类药物类似，克拉霉素很少会导致Q-T间期延长，心律失常如室性心动过速、室颤和充血性心力衰竭。
免疫低下患者
对AIDS和其它免疫低下的病人采用较高剂量的克拉霉素长期治疗分支杆菌感染时，很难区分副作用究竟是克拉霉素造成还是HIV病症或并发症。
对成年患者，克拉霉素每天总剂量为1克时的最常见不良反应是：恶心、呕吐、味觉失调、腹痛、腹泻、皮疹、胃气胀、头痛、便秘、听觉障碍、SCOT和SGPT升高、白血球和血小板数减少。较少患者还出现BUN升高。有大环内酯类抗生素过敏史者禁用克拉霉素。
禁用于孕妇及哺乳期妇女。
克拉霉素禁止与下列药物合用：阿司咪唑、西沙必利、哌迷清和特非那丁（见药物相互作用）。警告：医生在考虑给妊娠尤其是妊娠三个月的妇女服用克拉霉素时，应仔细权衡其利弊。
据报道，几乎所有的抗生素包括大环内酯类可能会导致轻度至重度的假膜性大肠炎。
克拉霉素主要由肝脏代谢，因此，对肝功能损伤的病人用药应谨慎，中度至严重肾功能损伤的病人及65岁以上的老人使用本品也应注意。
血液透析或腹膜适析对克拉霉素的血浆浓度影响不大。
应注意克拉霉素和其它大环内酯类药物的交叉耐药性，和林可霉素及克林霉素之间也有交叉耐药性。
应注意克拉霉素与秋水仙碱合用时会发生秋水仙碱毒性，尤其是对于老年患者及肾功能不全的病人，其中某些病例死亡（见药物相互作用）。
与其它抗生素相似，长期或重复使用克拉霉素可能出现耐药菌或真菌引起的二重感染，此时必须立刻停止用药并采取适当的支持疗法。
在其它联合应用克拉霉素和奎尼丁或丙吡胺的病例中也报道7尖端扭转性室性心动过速。在与克拉霉索联合应用时应该监测这些药物的血清浓度。
和其它大环内酯类药物相似，克拉霉素有可能与华法令和环孢霉素发生相互作用。与细胞色素P450代谢的药物的相互作用
有数据表明，克拉霉素主要由肝细胞色素P450 3A（CYP3A）同功酶代谢，这是决定许多药物相互作用的重要机制。该机制下，与克拉霉素同时使用的其它药物的代谢受到抑制，从而其血清中的药物浓度升高。
下列一些或一类药物已知或有可能是通过肝细胞色素P450 3A（CYP3A）同功酶代谢途径：阿普唑仑、阿司咪唑、卡马西平、西洛他唑、西沙必利、环孢菌素、丙吡胺、麦角生物碱、洛伐他丁、甲泼尼龙、咪达唑仑、奥美拉唑、口服抗凝药（如华法林）、匹莫齐特、奎尼丁、利发布丁、西地那非、辛伐他丁、他克莫司、特非那丁、三唑仑和长春碱。通过细胞色素P450系统中其它同功酶代谢的、机制相似的药物还有苯妥因、茶碱及丙基戊酸钠类抗癫痫药。
临床研究表明，当茶碱或卡马西平与克拉霉素合用时，其血浆东渡会出现有统计学意义的轻度升高。
克拉霉素与HMG-CoA还原酶抑制剂（如洛伐他丁和辛伐他丁）合用时，极少有横纹肌溶解的报道。
西沙必利与克拉霉素合用会升高病人西沙必利血浓，导致Q-T间期延长，心律失常如室性心动过速、室颤和充血性心力衰竭。克拉霉素与匹莫齐特合用也会有此作用。
大环内酯类药物能改变特非那丁的代谢而升高其血浓，导致心律失常如室性心动过速、室颤和充血性心力衰竭。对14名健康受试者的研究发现，克拉霉素与特非那丁合用会引起特非那丁的酸性代谢物血浓升高2-3倍，导致Q-T间期延长，但无任何临床症状。克拉霉素与阿司咪唑合用也会有此作用。
与其它药物的相互作用
克拉霉素与地高辛会引起地高辛血浓升高，故应进行血药浓度监测。
与抗逆转录病毒药物的相互作用
HIV感染的成年人同时口服克拉霉素与齐多夫定会引起齐多夫定稳态血浓下降，这主要是由于克拉霉素会干扰齐多夫定的吸收，故错开服用时间可避免这种影响。但HIV感染的儿科病人同时服用克拉霉素混悬剂和齐多夫定或二脱氧肌苷（dideoxyinosine）时未出现上述相互影响。
药动学研究表明，利托那韦（200mg, 每天三次）和克拉霉素（500mg, 每天二次）合用克拉霉素代谢会明显被抑制，克拉霉素的Cmax, Cmin和AUC分别增加31%，182%和77%，14-OH克拉霉素的生成受到明显抑制。由于克拉霉素治疗窗较大，当病人肾功能正常时，无需减少剂量，但对肾功能损伤的病人，应按以下方法进行剂量调整：ClCR为30-60ml/min的患者，克拉霉素剂量减少50%；ClCR小于30ml/min的患者，克拉霉素剂量减少75%。克拉霉素每天剂量大于1g时，不应与利托那韦合用。急性、亚慢性和长期毒性
分别进行了小鼠、大鼠、狗和猴单剂量和6个月口服克拉霉素的毒性研究实验。
在小鼠和大鼠的急性毒性研究中，单剂量为5g/kg时，大鼠死亡一只。故半数致死量高于5g/kg，此为最高可行给药剂量。
灵长类动物在剂量为100mg/kg/天，给药14天和剂量为35mg/kg/天，给药一个月时无毒副作用。同样，大鼠在剂量为75mg/kg/天，给药一个月，35mg/kg/天，给药三个月或8mg/kg/天，给药六个月时无毒副作用。狗对克拉霉素较敏感，无毒副作用的耐受剂量为50mg/kg/天，给药14天，10mg/kg/天，给药一只至三个月或4mg/kg/天，给药六个月。
在中毒剂量时，主要的临床表征为呕吐、虚弱、食欲不振、体重减轻、流涎、虚脱和好动。
400mg/kg/天剂量组，10只猴中有2只在第八天死亡；存活至28天的猴的粪便为黄色脱色状。
所有物种中，毒性的靶向器官为肝脏。肝毒性表现为磷酸胆碱、丙胺酸和天冬氨酸氨基酸转移酶、?-谷丙转氨酶和/或乳酸脱氢酶的血清浓度升高。停药后，这些参数通常能恢复或趋于正常。
研究表明，克拉霉素对其它组织如胃、胸腺及其它淋巴器官和肾的影响不大。治疗剂量时，只有狗出现结膜充血和流泪。大剂量400mg/kg/天时，一些狗和猴出现角膜浑浊和/或水肿。
生育能力、传代和致畸性
对生育能力和传代的影响实验研究表明，日服150-160mg/kg/天剂量对雄性和雌性大鼠的性欲、生育力、分娩和子代的数量和发育无副作用。Wistar（口服）和Sprague-Dawley大鼠（口服和静注）以及新西兰白兔和猕猴的致畸性实验均未能发现克拉霉素有任何致畸作用。仅在Sprague-Dawley大鼠的一次附加实验中出现过少见且无统计学意义的心血管异常（6%），这主要是由于群体内基因自然表达的改变。对小鼠的两项研究也表明，70倍于人日常临床剂量（500mg，日服二次）时，出现上腭分裂现象（3-30%），但35倍于人最大日服临床剂量时，无此现象，这一结果提示，其为母子毒性而非致畸性。
怀孕20天后，给予猴10倍于人日常临床较高剂量（500mg，日服二次）的克拉霉素，会导致流产。这主要是由极高剂量的药物毒性所致。在一项补充实验中，给予猴2.5-5倍于最大日常剂量的克拉霉素，没有危及胚胎。
小鼠支配致死实验（1000mg/kg/天剂量，约70倍于人最大日服临床剂量）中，致突变结果为阴性，而且，大鼠I期实验中，500mg/kg/天剂量（约35倍于人最大日服临床剂量）给药80天，未发现雄性大鼠因长期服用高剂量克拉霉素出现性功能损伤。
致突变
为评价克拉霉素的致突变能力，进行了非活性和大鼠肝微粒体活性实验系统（Ames 实验）。结果表明，药物浓度为每碟25mcg或更低时，无致突变能力。浓度为50mcg时，对所有实验菌株产生毒性。