本药的副作用与维生素A过量的临床表现相似，常见的副作用包括口唇及皮肤干燥、唇炎、脱屑、瘙痒、疼痛、皮疹、皮肤脆性增加、掌跖脱皮、瘀斑，还可出现继发感染等。
结膜炎、严重者角膜混浊、视力障碍、视乳头水肿，头痛、头晕、精神症状、抑郁、良性脑压增高。
毛发疏松，指甲变软。
骨质疏松、肌肉无力、疼痛、胃肠道症状、鼻衄等。
妊娠服药可导致自发性流产及胎儿发育畸形。
实验室检查可引起血沉快、肝酶升高、血脂升高、血糖升高、血小板下降等。
上述副作用大多为可逆性，停药后可逐渐得到恢复。副作用的轻重与本药的剂量大小、疗程长短及个体耐受性有关。
轻度不良反应可不必停药，或减量使用，重度不良反应应立即停药，并去医院由医师作相应处理。上述不良反应大多为可逆性，停药后可逐渐得到恢复。本药避免与维生素A及四环素等同时服用。
用药期间及停药后三月内不得献血。
避免太阳光及UV射线过度照射。
糖尿病、肥胖症、酗酒及高脂血症、脂质代谢紊乱者慎用。
治疗初期痤疮症状或许有短暂性加重现象，若无其他异常情况，可在严密观察下继续用药，不宜同时服用其他角质分离剂或表皮剥脱性抗痤疮药。
必要时可用温和的外用药作辅助性治疗。
异维A酸与四环素类抗生素合用，可导致假“脑瘤”产生而引起良性脑压升高，临床表现为伴有头痛的高血压、眩晕和视觉障碍。
异维A酸与维生素A同时使用，可产生与维生素A超剂量时相似的症状。
异维A酸与卡马西平(Carbamazepine)同时应用，可导致卡马西平的血药浓度下降，与华法林(Warfarin)同时使用，可增强华法林的治疗效果，和甲氨蝶呤(MTX)同时使用，可因MTX的血药浓度增加而增加对肝脏的损害。
