用于眼科手术松弛睫状韧带、减轻创伤性虹膜睫状体炎；也可用于白内障摘除，使晶体易于移去。
用于创伤或手术后伤口愈合、抗炎及防止局部水肿、积血、扭伤血肿、乳房手术后浮肿、中耳炎、鼻炎等。
用于慢性支气管炎、支气管扩张或肺脓肿的治疗，可使脓性或非脓性痰液均可液化，易于咳出。
毒蛇咬伤的处理。
成人常用量
肌内注射：通常一次4000单位(5mg)，用前以氯化钠注射液5ml溶解。
经眼给药：用于眼科作为酶性分解晶状体悬韧带，以氯化钠注射液溶解本品，配成1：5000溶液，从瞳孔注入后房，经2~3分钟，在晶体浮动后，用氯化钠注射液冲洗，即可取出晶状体。
喷雾吸入：用于液化痰液，可制成0.05%溶液雾化吸入。
局部注射：
在处理软组织炎症或创伤时，可用800单位(1mg)溶于1ml的生理氯化钠溶液的药液局部注于创面。
毒蛇咬伤，糜蛋白酶10-20mg，每瓶用注射用水4ml稀释后，以蛇牙痕为中心向周围作浸润注射，并在伤口中心区域注射2针，再在肿胀上方3cm许作环状封闭1-2层，根据不同部位每针0.3-0.7ml，至少10针，最多26针。
外用：
眼科局部用药一般不会引起全身不良反应，但可引起短期眼压增高，导致眼痛、眼色素膜炎和角膜水肿，这种青光眼症状可持续一周后消退，还可导致角膜线状混浊、玻璃体疝、虹膜色素脱落、葡萄膜炎及创口开裂或延迟愈合等。
可造成凝血功能障碍。
肌内注射偶可致过敏性休克。
可引起组胺释放，导致局部注射部位疼痛、肿胀。
20岁以下患者，由于晶体囊膜玻璃体韧带相连牢固，眼球较小，巩膜弹性强可致玻璃体脱出，或玻璃体液不固定的创伤性白内障病人，因可导致玻璃体液丧失，故均禁用。
眼压高或伴有角膜变性的白内障患者，以及玻璃体有液化倾向者均禁用。
严重肝、肾疾病、凝血功能异常及正在应用抗凝药者禁用。
本品肌内注射前需做过敏试验，并禁止静脉注射。
如引起过敏反应，应立即停止使用，并用抗组胺类药物治疗。
本品对视网膜有较强的毒性，由于可造成晶体损坏，应用时勿使药液透入玻璃体。
本品遇血液迅速失活，因此在用药部位不得有未凝固血液。
本品在固体状态时比较稳定，但其溶液不稳定，室温放置9天可损失50%的活性，故应临用前配制。
对本品引起的青光眼症状，于术后滴用β-受体阻滞药(如噻吗洛尔)，或口服碳酸酐酶抑制剂(如乙酰唑胺)，可能会缓解。
由于超声雾化后糜蛋白酶效价下降明显，因此，糜蛋白酶超声雾化吸入时间宜控制在5分钟内。
