偶见轻微眼一过性刺激。
如药物局部吸收过多，可能会出现胃肠道的某些不良反应，如恶心、呕吐、腹痛或腹泻等。
可能会出现过敏反应，如皮疹，偶可发生严重的剥脱性皮炎、渗出性多形红斑。
妊娠、哺乳期妇女不宜使用。
对氟康唑或其他三唑类药物过敏者禁用。
对任何一种吡咯类药物过敏者禁用。
重度真菌性角膜炎应以全身抗真菌药治疗为主，本品局部治疗为辅。
使用过程中发现异常，应立即停药。
用药前需就诊，以明确是否需先进行清创处理。
肝、肾功能严重障碍者慎用。
异烟肼或利福平，两药中任一药物与氟康唑同用时，可降低氟康唑的浓度，并可导致治疗失败或感染复发，故应谨慎使用上述药物。
甲苯磺丁脲、氯磺丁脲和格列吡嗪与氟康唑同用时，此类降糖药血药浓度升高，可发生低血糖症，因此需监测血糖，并减少磺脲类降糖药的剂量。
高剂量氟康唑与环孢素同用时，可使环孢素血药浓度升高，致毒性反应发生的危险性增加，因此必须在监测环孢素血药浓度并调整剂量的情况下方可谨慎应用。
氢氯噻嗪可使氟康唑的血药浓度升高，可能与氢氯噻嗪使氟康唑的肾清除减少有关。
茶碱与氟康唑同用时血药浓度升高约13%，可导致毒性反应发生，应监测茶碱的血药浓度。
华法林与氟康唑同用时可增强其抗凝作用，导致凝血酶原时间延长，应监测凝血酶原时间并谨慎应用。
遗传毒性结果表明：Ames试验、小鼠淋巴瘤L5178Y细胞系试验、动物骨髓微核试验、人体淋巴细胞染色体试验结果均为阴性。
生殖毒性试验结果表明：大鼠经口给予氟康唑20mg/kg，可轻度延迟分娩过程，但不影响其生育力。大鼠围产期结果可见，雌鼠接受20mg/kg和40mg/kg时，某些动物出现难产和延迟分娩。主要表现为死胎数量轻度增加和存活新生鼠数量减少。大剂量氟康唑对大鼠分娩的影响可能与其可特异性地降低该种属动物的雌激素水平有关。在接受氟康唑治疗的妇女中尚未观察到这种激素水平的变化。
致癌试验进行了小鼠和大鼠的研究，小鼠和大鼠分别按2.5、5或10毫克/公斤体重/日剂量(约为人体推荐剂量的2～7倍)口服氟康唑24个月，提示氟康唑无致癌作用。但雄性大鼠接受本品剂量为5mg/kg和10mg/kg，连续给药24个月，可见动物肝细胞腺瘤发生率增高。