推荐剂量为每日一次，每晚滴一滴于患眼。每日使用本品的次数不得超过一次，因为有资料表明频繁使用本品可导致其降眼压效果减弱。
首次滴用本品约4小时后眼内压开始降低，约于8-12小时之内作用达到最大。
本品可以与其他滴眼剂同时使用以降低眼内压。如果同时使用多种治疗药物，则每两种药物的使用应至少间隔五分钟。临床试验中，有15%到45%的患者使用本品曾分别出现不良事件，最常见的不良事件按发生的几率降序排列为：结膜充血、睫毛增生、眼部瘙痒。大约有3%的患者因结膜充血而中断治疗。
有3%到10%的患者曾出现如下的眼部不良事件，按发生的几率降序排列为：眼睛干涩、视觉障碍、眼部烧灼感、异物感、眼睛痛、眼周皮肤色素沉着、睑缘炎、白内障、浅层点状角膜炎、眼睑红斑、眼部刺激和睫毛颜色变深。据报道约有1%到3%的患者曾有如下的不良事件，按发生的几率降序排列为：眼睛分泌物、流泪、畏光、过敏性结膜炎、视疲劳、虹膜色素沉着增加和结膜水肿。报道有不到1%的患者曾出现眼内炎症，如虹膜炎。
据报道约有10%的患者出现的全身性不良事件为感染（主要为感冒和上呼吸道感染）。有1%到5%的患者曾出现下述全身性不良事件，按发生几率降序排列为：头痛、肝功能异常、乏力和多毛症。一般情况：有报道患者因使用多剂量包装的滴眼液而致细菌性角膜炎。 大多数情况下，包装容器是由于患者同时患有角膜疾病或眼睛上皮表面破裂而被污染的（参见患者须知）。
患者虹膜褐色素沉着的变化是逐渐发生的，可能在数月内至数年内也不会有明显变化。
通常，褐色素沉着以瞳孔为中心向外围进行扩散，但是整个虹膜或部分虹膜的褐色也会更深。应该经常检查患者眼睛的颜色变化，以便提供更多有关色素沉着的信息，并且依据临床情况，如果色素沉着继续则应停止用药。停止用药后虹膜的褐色素不会再增加，但已改变的颜色可能是永久性的。虹膜上的痣和斑点不受治疗的影响。
患有活动性内眼炎症（如葡萄膜炎）的患者须慎用本品。
曾有报道，有患者使用本品后出现了黄斑水肿包括囊样黄斑水肿。无晶状体患者、晶状体后囊撕裂的假性无晶状体患者或已知有黄斑水肿危险的患者应慎用本品。
本品治疗闭角型、炎性及出血性青光眼尚无评价。
配戴有隐形眼镜时不应使用本品。
患者须知：
患者应被告知，部分患者使用此药会出现睫毛变长、颜色变深，眼部皮肤颜色加深的现象，此现象可能是永久性的。
有些患者的虹膜颜色会慢慢加深，可能是永久性的。
只需要治疗单侧眼睛的患者应该被告知出现两眼间睫毛长度、颜色或粗细不同和/或两眼的眼睑皮肤及虹膜颜色不同的可能。
患者应该被告知勿将药瓶的瓶口直接接触眼睛、眼周组织、手指以及其他物体的表面，以免药液被可致眼睛感染的细菌污染。使用被污染的药液会严重损伤眼睛进而使视力下降。
患者应该被告知在使用过程中，若眼部出现任何状况（如外伤或感染）或进行眼科手术，应立即咨询医生是否可以继续使用此多剂量包装的滴眼液。
患者应该被告知在使用过程中，若眼部出现反应，特别是结膜炎和眼睑反应时应及时咨询医生。
使用本品前应当摘下隐形眼镜，并在滴药15分钟后再配戴。应告诉患者本品中含有的苯扎氯铵会被软性隐形眼镜吸收。
如果同时还使用其他药物，每两种药物的使用至少应间隔五分钟。在小鼠和大鼠的口服（管饲）试验中，即使给药剂量达到100mg/kg/天时仍无毒性反应。此剂量以mg/m2表示至少比体重为十公斤的小孩用一整瓶本品的剂量高70倍。
致癌，致突变，生殖毒性：贝美前列素没有进行致癌方面的研究。
艾姆斯氏试验，小鼠淋巴瘤试验和小鼠体内微核试验显示贝美前列素无致突变作用。
在用雌性和雄性大鼠进行的试验中，当给药剂量达到0.6mg/kg/天（以血液AUC水平计，相当于人体推荐用药量的103倍）时也不损害其生殖能力。
致畸作用：对怀孕小鼠和大鼠进行的胚胎/胎鼠发育研究，给小鼠和大鼠分别口服以血液AUC水平计至少相当于人体推荐用药量的33和97倍剂量的贝美前列素，妊娠的小鼠和大鼠发生流产。
当给药剂量为以血液AUC水平计相当人体推荐用药量的41倍时，母鼠妊娠期缩短，死胎、再吸收推迟现象增加，分娩前后幼鼠死亡率增加且幼鼠体重减轻。