在本品的临床对照研究中，观察到的最常见眼部不良反应是眼充血，见于35%-50%的患者。大约3%的患者因结膜充血停止用药。5-10%的限部不良反应包括视力下降，眼部不适，异物感，疼痛，瘙痒。1-4%的眼部不良反应包括视力异常、眼睑炎、视力模糊、白内障、炎性细胞、结膜炎、干眼、眼部不适、房闪、虹膜异色、角膜炎、睑缘结痂、畏光、结膜下出血和流泪。
非眼部不良反应占1-5%，包括外伤、心绞痛、焦虑、关节炎、背痛、心动过缓、气管炎、胸痛、感冒综合症、抑郁、消化不良、胃肠功能紊乱、头痛、高胆固醇血症、高血压、低血压、感染、疼痛、前列腺功能紊乱、窦炎、尿失禁和尿道感染。据报道本品可引起色素组织的变化。最常见报道这些变化可增加虹膜和眼眶周围组织（眼睑）的色素沉着并增加睫毛的颜色和生长，这些改变可能是永久的。0.004%曲伏前列素滴眼液能逐步改变眼睛颜色，通过增加黑色素细胞中黑素体（色素颗粒）的数量增加虹膜棕色素数量。对黑色素细胞和对黑色素细胞的潜在损伤结果及/或色素颗粒沉积于眼部其它区域的长期效应目前还不确切了解。虹膜颜色的改变发展很慢，甚至几个月或几年都不易察觉，因此应告知患者虹膜色素变化的可能性。应用本品有眼睑皮肤变黑的报道。
本品可能逐步改变治疗眼的睫毛；这些改变包括：
睫毛变长，变密，色素和/或睫毛数量增加。
对单眼接受治疗的患者，应告知患者可能在治疗眼出现虹膜、眶周和/或眼睑组织和睫毛的棕色素增加，因此双眼会出现色彩差异。
也应当告知患者双眼的睫毛长度，密度，和/或数量的不同。
总则
据报告多剂量包装的限局部用药在使用过程中，可引发细菌性角膜炎。眼药瓶可能不经意的被患者污染，而多数患者常常伴发角膜疾病或角膜上皮有缺损（见患者须知）。
患者虹膜棕色素可能逐步增加，这些改变可能在几个月或几年都不被发现（见【警告】）。在多色素虹膜患者中，眼部颜色的改变最明显，例如：棕-兰、棕-灰、棕-黄和棕-绿；然而这种改变也出现在棕色眼的患者中。根据文献报道，这种颜色的改变是由于虹膜基质色素细胞内容物增加的结果，但目前对其作用机制尚未清楚。通常棕色素从受影响的瞳孔周围向外周呈向心性分布，但整个虹膜或部分虹膜颜色会变深。患者应根据情况定期进行检查，直到加深逐渐明显。如果色素沉着发生应停止治疗。
具有眼部感染史（虹膜炎/葡萄膜炎）的患者应谨慎使用本品。急性眼部感染的患者应禁止使用本品。前列腺素F2a类似物在治疗期间有黄斑水肿包括黄斑囊样水肿的报道。这些主要见于无晶体患者，晶体后囊膜破裂的假晶体患者或有黄斑水肿危险因素的患者。本品在这类患者中使用时需谨慎。尚未对本品治疗闭角型、炎症性或新生血管性青光限进行评价。
在佩戴接触性镜片期间应禁止使用0.004%曲伏前列素滴限液。
患者应注意含有苯扎氯铵的0.004%曲伏前列素滴眼液可能被接触性镜片吸收，因此在使用本品前应将接触性镜片摘除。在滴人本品15分钟后再重新戴入镜片。
患者须知
应建议患者仔细阅读警告和注意事项章节。
指导患者点眼药时如何避免药瓶头部接触眼睛或眼部周围组织，因为这可能会引起药瓶头部被致病菌污染。使用污染的眼药会引起眼部的感染和严重损伤，继而导致视力下降。
应建议患者一旦在治疗中出现眼部状态改变（如外伤或感染）或有眼部手术时，立即征求医生的意见如何继续使用多剂量包装的眼药。
建议患者一旦出现眼部症状，尤其是结膜炎和眼睑反应，应立即请示医生。患者应了解本品含苯扎氯铵，它会被隐形眼镜吸收。在用药前应取出隐形眼镜，在使用本品15分钟后可重新戴镜。同时使用一种以上眼局部用药时，两种药物应至少间隔5分钟。
致癌，致突变，生育能力的损害
在大鼠和小鼠皮下给予10，30或100μg/kg/天的两年致癌性研究中未发现致突变作用。但在100μg/kg/天的剂量，雄性大鼠仅治疗了82周，在小鼠的研究中未达到最大耐受剂量（MTD）。按照血浆有效药物量，高剂量（100μg/kg）相当于人眼用推荐最大剂量（MRHOD）0.04μg/kg暴露量的400倍以上。曲伏前列素在艾姆斯氏试验、小鼠微核试验及大鼠染色体畸变试验中都未发现致突变作用。在另一项（两项中的一项）小鼠淋巴瘤试验中，高浓度的曲伏前列素只在有大鼠S-9活性酶存在时才有轻微的致突变作用。
曲伏前列素在雌雄大鼠和小鼠中皮下使用，用量达到10μg/kg/天（人眼用推荐最大剂量的250倍），不影响交配或生育能力指数。在此剂量下，黄体平均数量减少，植入后的失败增加。但是在3μg/kg/天（人眼用推荐最大剂量的75倍）下黄体数量无改变。