妊娠妇女服用米索前列醇可引起流产、早产或出生缺陷。用于妊娠8周以上妇女引产或流产时，有子宫破裂的报告。米索前列醇不应在妊娠妇女用于降低非甾体类抗炎药（NSAID）所致溃疡风险。
必须告知用于流产或引产目的的患者，不要将药物给予他人。
米索前列醇不应在可能妊娠的妇女用于降低NSAID所致溃疡风险，除非患者处于NSAID所致胃溃疡合并症的高风险状态或处于发生胃溃疡的高风险状态。这些高风险患者在以下情况可以使用米索前列醇：
治疗前2周内血清妊娠试验阴性；
能够采取有效的避孕措施；
已经被口头和书面警告米索前列醇对妊娠的危害、可能避孕失败的风险、以及将药物给予其他可能妊娠妇女误服的危险；
只能在下一个正常月经周期的第二天或第三天开始用米索前列醇。
本品用于终止早孕时，必须与米非司酮配伍，严禁单独使用。
本品配伍米非司酮终止早孕时，必须医生处方，并在医生监管下在有急诊刮宫手术和输液、输血条件的单位使用。本品不得在药房自行出售。
服药前必须向服药者详细告知治疗效果，及可能出现的不良反应，服用本品时必须在医院观察4~6小时，治疗或随诊过程中，如出现大量出血或其他异常情况应及时就医。
服药后，一般会较早出现少量阴道出血，部分妇女流产后出血时间较长。少数旱孕妇女服用米非司酮后，即可自然流产，但仍然必须按常规服完本品。约80%的孕妇在使用本品后，6小时内排出绒毛胎囊。约10%孕妇在服药后一周内排出妊娠物。
服药后必须按药物流产常规进行随访，以确定流产效果。必要时B超检查或血HCG测定，如确认为流产不全、继续妊娠或胚胎停止发育，应及时处理。
使用本品终止旱孕失败者，必须进行人工流产终止妊娠。
抗酸药（尤其是含镁抗酸药）与本品合用时会加重本药所致的腹泻、腹痛等不良反应。
有联用保泰松和本品后发生神经系统不良发应的报道，症状包括头痛、眩晕、潮热、兴奋、一过性复视和共济失调。
与环孢素及泼尼松联用可降低肾移植排斥反应的发生率。
