克拉霉素适用于对其敏感的致病微生物引起的下列感染，包括：
下呼吸道感染：如支气管炎、肺炎等；
上呼吸道感染：如咽炎、鼻窦炎、扁桃体炎等
皮肤及软组织感染：如毛囊炎、蜂窝组织炎、丹毒、疖和伤口感染等；
急性中耳炎、肺炎支原体肺炎、沙眼衣原体引起的尿道炎及宫颈炎等；
也用于军团菌感染，或与其他药物联合用于鸟型分支杆菌或细胞内分支杆菌（MAC）引起的局部或弥散性感染。由海龟分支杆菌、意外分支杆菌或堪萨斯分支杆菌引起的局部感染。
克拉霉素适用于CD4淋巴细胞数小于或等于100/mm3的HIV感染的病人预防由弥散性鸟型分支杆菌引起的混合感染。
存在胃酸抑制剂时，克拉霉素也适用于根除幽门螺杆菌，从而减少十二指肠溃疡的复发。
牙源性感染的治疗。
口服，成人常用的推荐剂量为每日两次，每次0.25g（2粒）。严重感染时，剂量增加为每次0.5g（4粒），每日两次。疗程为5-14天，获得性肺炎和鼻窦炎疗程为6-14天。
肾损害病人肌酐清除率小于30ml/min时，本品剂量减半，即每次0.25g（2粒），每日一次；严重感染每次0.25g（2粒），每日两次，连续治疗不得超过14天。对于分支杆菌感染，成人推荐剂量为4粒，每日两次。对AIDS病人弥散性MAC感染的治疗应持续至临床显效，克拉霉素应合用其它抗分支杆菌的药物。治疗非结核分支杆菌感染的也应连续用药。预防MAC的推荐剂量为成人每次0.5g（4粒），每日两次。治疗牙源性感染的剂量为克拉霉素每次0.25g（2粒），每日两次，服用5天。
清除幽门螺杆菌感染的推荐剂量为：
三联用药：本品每次0.5g（4粒），每日二次；兰索拉唑每次30mg，每日二次；阿莫西林每次1g，每日二次；治疗10天。或者，克拉霉素每次0.5g（4粒），每日二次；阿莫西林每次1g，每日二次；奥美拉唑每次20mg，每日二次；治疗7-10天。
二联用药：本品每次0.5g（4粒），每日三次；奥美拉唑每日40mg；治疗14天，然后再奥美拉唑每日20mg或40mg治疗14天。或者，克拉霉素每次0.5g（4粒），每日三次，合用兰索拉唑每天60mg，治疗14天。为使溃疡完全治愈，需要服胃酸抑制剂。
临床研究中，成人最常见的不良反应是胃肠不适，如恶心、消化不良、腹痛、呕吐和腹泻，其他不良反应包括头痛、味觉异常和肝转氨酶短暂升高。
有很少报道称，克拉霉素造成胆功能异常，如肝转氨酶升高，黄疸和无黄疸的肝细胞性和/或胆汁淤积性（药物性）肝炎，这种异常可能会很严重但经常是可逆转的。极少数有肝坏死的报道，且多与严重疾病和/或同服其他药物有关。
罕见胰腺炎和惊厥报告。
有极少数病例引起血清肌酐浓度升高，但原因不明。
口服克拉霉素，曾有发生过敏反应报告，轻者为荨麻疹和轻度皮疹，重者为过敏休克和Stevens-Johnson氏综合症或毒性表皮坏死。
曾有发生短暂性中枢神经系统的不良反应报告，包括头昏、眩晕、焦虑、失眠、噩梦、耳鸣、意识模糊、定向力障碍、幻觉和精神病，但因果关系不清楚。
有报告表明，克拉霉素会导致可逆转的失聪、味觉改变和味觉失调。
克拉霉素治疗期间，会发生舌炎、胃炎、口腔念珠菌病和舌无色。也有牙变色的报告，但牙变色可通过专业牙科逆转。有极少发生低血糖症的病例报告，有些是同服降血糖药或胰岛素造成。极少病例会发生白细胞和血小板减少症。与其它大环内酯类药物类似，克拉霉素很少会导致Q-T间期延长、心律失常（如室性心动过速、室颤）和充血性心力衰竭。
免疫低下患者： 对AIDS和其它免疫低下的病人采用较高剂量的克拉霉素长期治疗分支杆菌感染时，很难区分副作用究竟是克拉霉素造成还是HIV病症或并发症。
对成年患者，克拉霉素每天总剂量为1克时的最常见不良反应是：恶心、呕吐、味觉失调、腹痛、腹泻、皮疹、胃气胀、头痛、便秘、听觉障碍、SGOT和SGPT升高、白细胞和血小板数减少。较少患者还出现BUN升高。
对大环内酯类抗生素过敏者禁用。
克拉霉素禁止与下列药物合用： 阿斯咪唑、西沙必利、哌迷清和特非那丁。克拉霉素主要由肝脏排泄，因此，对肝功能损伤的病人用药应谨慎，中度至严重肾功能损伤的病人使用本品也应注意。
应注意克拉霉素和其它大环内酯类药物的交叉耐药性，如林可霉素和克林霉素。与细胞色素P450代谢的药物的相互作用：
有数据表明，克拉霉素主要由肝细胞色素P4503A（CYP3A）同功酶代谢，这是导致许多药物相互作用的重要机制。该机制下，与克拉霉素同时使用的其它药物的代谢受到抑制，从而其血清中的药物浓度升高。
下列一些或一类药物已知或用可能是通过肝细胞色素P4503A（CYP3A）同功酶代谢途径：阿普唑仑、阿司咪唑、卡马西平、西洛他唑、西沙必利、环孢菌素、丙吡胺、麦角生物碱、洛伐他丁、甲泼尼龙、咪达唑仑、奥美拉唑、口服抗凝药（如华法林）、匹莫齐持、奎尼丁、利发布丁、西地那非、辛伐他丁、他克莫司、特非那丁、三唑仑和长春碱。通过细胞色素P450系统中其它同功酶代谢的、机制相似的药物还有苯妥因、茶碱及丙基戊酸钠类抗癫痫药。
临床研究表明，当茶碱或卡马西平与克拉霉素合用时，其在循环系统的浓度轻度升高但有统计学意义（P<0.05）。当克拉霉素与奎尼丁、丙吡胺合用时应检测血药浓度。
克拉霉素与HMG-CoA还原酶抑制剂（如洛伐他丁和辛伐他丁）合用时，极少有横纹肌溶解的报道。西沙必利与克拉霉素合用会使病人血液中西沙必利浓度升高，导致Q-T间期延长，心律失常如室性心动过速、室颤和充血性心力衰竭。克拉霉素与匹莫齐特合用也会有此作用。
大环内酯类药物能改变特非那丁的代谢而升高其血药浓度，导致心律失常如室性心动加速、室颤和充血性心力衰竭。对14名健康受试者的研究发现，克拉霉素与特非那丁使用会引起特非那丁的酸性代谢物血浓度升高2-3倍，导致Q-T间期延长，但无任何临床症状。克拉霉素阿司咪唑合用也会有此作用。
与其它药物的相互作用：
克拉霉素与地高辛合用会引起地高辛血药浓度升高，故应进行血药浓度监测。
与抗逆转录病毒药物相互作用：
HIV感染的成年人同时口服克拉霉素与齐多夫定会引起齐多夫定稳态血药浓度下降。这主要是由于克拉霉素会干扰齐多夫定的吸收，故错开服用时间可避免这种影响。但HIV感染的儿科病人同时服用克拉霉素混悬剂和齐多夫定或二脱氧肌苷（ dideoxyinosine）时未出现上述相互影响。
药动学研究表明，利托那韦（200mg，每天三次）和克拉霉素（500mg，每天二次）合用，克拉霉素代谢会明显被抑制。克拉霉素的Cmax、Cmin和AUC分别增加31%、182%和77%，14-OH克拉霉素的生成受到明显抑制。由于克拉霉素治疗窗较大，当病人肾功能正常时，无需减少剂量，但对肾功能损伤的病人，应按以下方法进行剂量调整：Cr为30-60ml/min的患者，克拉霉素剂量减少50%：Cr小于30ml/min的患者，克拉霉素剂量减少75%。克拉霉素每天剂量大于1g，不应与利托那韦合用。亚慢性和长期毒性分别进行了小鼠、大鼠、狗和猴单剂量和6个月口服克拉霉素的毒性研究实验。
灵长类动物在剂量为100mg/Kg/天，给药14天和剂量为35mg/Kg/天，给药一个月时无毒副作用。同样，大鼠在剂量为75mg/Kg/天，给药一个月；35mg/Kg/天，给药三个月或8mg/Kg/天，给药六个月时无毒副作用。狗对克拉霉素较敏感，无毒副作用的耐受剂量为50mg/Kg/天，给药14天；10mg/Kg/天，给药一至三个月或4mg/Kg/天，给药六个月。
在中毒剂量时，主要的临床表征为呕吐、虚弱、食欲不振、体重减轻、流涎、虚脱和好动。400mg/Kg/天剂量组，10只猴中有2只在第八天死亡；存活至28天的猴的粪便为黄色脱色状。
所有物种中，毒性的主要靶向器官为肝脏。肝毒性表现为碱性磷酸酶、丙氨酸和天冬氨酸氨基酸转移酶、γ-谷丙转氨酶和/或乳酸脱氢酶的血清浓度升高。停药后，这些参数通常能恢复或趋于正常。
研究表明，克拉霉素对其它组织如胃、胸腺及其它淋巴器官和肾的影响不大，治疗剂量时，只有狗出现结膜充血和流泪。大剂量400mg/Kg/天时一些狗和猴再出现角膜浑浊和/或水肿。
生育能力、生殖和致畸性
对生育能力和生殖的影响实验研究表明，日服150-160mg/Kg/天剂量对雄性和雌性大鼠的性欲、生育力、分娩和子代的数量和发育无副作用。Wistar（口服）和Sprague-Dawley大鼠（口服和静注）以及新西兰白兔和猕猴的致畸性实验均未能发现克拉霉素有任何致畸作用。仅在一项补充的Sprague-Dawley大鼠实验中出现过少见且无统计学意义的心血管异常（6%），这主要是由于群体内基因自然表达的改变。对小鼠的两项研究也表明，70倍于人日常临床剂量（500mg，日服二次）时，出现上腭分裂现象（3-30%），但35倍于人最大日服临床剂量时，无此现象，这一结果提示，其为继发于母体毒性的胚胎毒性而非致畸性。
怀孕20天后，给予猴10倍于人日常临床较高剂量（500mg，日服二次）的克拉霉素，会导致流产。这主要是由极高剂量的药物毒性所致。在一项补充的实验中，给予猴2.5-5倍于最大日常剂量的克拉霉素，没有危及胚胎。小鼠显性致死实验（1000mg/Kg/天剂量，约70倍于人最大日服临床剂量）中，致突变结果为阴性，而且，大鼠Ⅰ段生殖毒性实验中，500mg/Kg/天剂量（约35倍于人最大日服临床剂量）给药80天，未发现雄性大鼠因长期服用高剂量克拉霉素出现功能损伤。剂量克拉霉素出现功能损伤。
致突变
为评价克拉霉素的致突变能力，加和未加代谢活化系统的Ames实验结果表明，药物浓度为每碟25mcg或更低时，无致突变能力。浓度为50mcg时，对所有实验菌株产生毒性。