常见的不良反应：注射部位的炎症和静脉炎、皮肤瘙痒或荨麻疹、发热、轻度头痛。
少见的不良反应：静脉注射时，少见有多汗、急性肾功能不全、血尿和低血压。
罕见的不良反应：昏迷、意识模糊、幻觉、癫痫等中枢神经系统症状，以及下肢抽搐，舌和手足麻木感，震颤，全身倦怠感。
本品属处方药物，须按医嘱使用。
为保证疗效，本品宜在发病早期及时使用。
阿昔洛韦氯化钠注射液仅供静脉滴注，药液至少匀速滴注1小时，避免快速滴入或静脉推注，因为这样给药发生肾小管内药物结晶沉积，引起肾功能损害的病例可达10%；静滴后2小时，尿药浓度最高，此时应给病人充足的水，防止药物沉积于肾小管内；血透可使血药浓度降低60%，故每血透6小时应重复给药一次剂量。
静脉滴注时药液切忌外溢，否则引起局部疼痛及炎症。
本品仅供一次使用，用剩的溶液必须废弃。
肾功能不全者，应根据肌酐清除率的情况调整剂量。
本品与其它药物混合容易引起析出结晶或pH改变，应尽量避免配伍使用。
静脉给药时与干扰素或甲氨蝶呤（鞘内）合用，可能引起精神异常，应慎用。
静脉给药时与肾毒性药物合用可加重肾毒性，特别对肾功能不全者更易发生。
丙磺舒可减少本品静脉给药时药物自肾小管的分泌，使血药浓度增高，消除半衰期延长，毒性增加。
与齐多夫定（zidovudine）合用可引起肾毒性，表现为深度昏睡和疲劳。
遗传毒性：
进行了16项遗传毒性试验，在4项微生物研究中未见致突变作用；在小鼠淋巴瘤细胞和人淋巴细胞上进行的2项体外细胞遗传试验结果表明，阿昔洛韦具有致突变作用。在5项体外细胞遗传试验（3项为中国仓鼠的卵巢细胞，2项为小鼠淋巴瘤细胞）中，未见有致突变作用。在免疫功能不全的、正断乳的、同源的幼鼠给药后所进行的2次体外细胞转化试验中，其中1次结果为阳性，可见细胞从形态上转变为肿瘤细胞，而在另一试验中，则未见同样的结果（原因可能是敏感性较低）。以人用药剂量的380～760倍给予中国仓鼠时，可引起染色体损伤；而大鼠以62～125倍剂量给药时，染色体的损伤无明显变化；小鼠的显性致死试验（在人用剂量的36～73倍剂量下）结果为阴性。
生殖毒性：
小鼠（450mg/kg/天，PO）和家兔（25mg/kg/天，SC）试验结果表明，阿昔洛韦对其生育力和生殖功能无影响。小鼠和大鼠的血浆药物浓度分别为人体血药水平的9～18倍和8～15倍。大鼠和家兔给予更高剂量（50mg/kg/天，SC，分别为人用水平的11～22倍和16～31倍）时，可降低着床，但不影响同窝仔的大小。在给大鼠产前和产后服用阿昔洛韦（50mg/kg/天，SC），组间平均黄体、总着床位置和活存胎儿等均有统计学意义的明显下降。
犬连续1个月给予阿昔洛韦（50mg/kg/天，IV，为人作剂量的21～41倍）（血药浓度为人的21～41倍）或连续1年（60mg/kg/天，PO，为人用剂量的6～12倍），结果均未发现睾丸异常。在给大鼠和犬的更高剂量给药时，可见睾丸萎缩和精子减少。
小鼠（450mg/kg/天，PO）、家兔（50mg/kg/天，SC或IV）和大鼠（50mg/kg/天，SC）的所给予的暴露剂量分别为人用剂量的9～18、16～106、11～22倍时，结果均未见致畸作用。
在孕妇中尚无充分的和严格对照的研究，但是有一流行病学调查表明，追踪了756名孕妇全身用药，对婴儿的出生缺陷发生率近似于普通人群。但这些数据尚不足以证明其对孕妇和胎儿是安全的。只有当阿昔洛韦对胎儿的治疗作用远大于其风险时，才可以考虑服用。
哺乳期妇女用药，阿昔洛韦在乳汁中的浓度为其血药浓度的0.6～4.1倍。当哺乳期妇女服用剂量达到0.3mg/kg/天时，该浓度可能累及婴儿，所以哺乳期妇女使用时应谨慎，并只有在必要时才可使用。
致癌性：
在大鼠和小鼠的整个生命期，通过管饲给予阿昔洛韦450mg/kg，结果表明，给药组和对照组发生肿瘤的动物数无统计学意义的显著差别，也不缩短肿瘤发生的潜伏期。小鼠和大鼠最大血浆浓度分别为人用剂量水平的3～6倍和1～2倍。