革兰氏阳性菌引起的下列各种感染性疾病：
扁桃体炎、化脓性中耳炎、鼻窦炎等。
急性支气管炎、慢性支气管炎急性发作、肺炎、肺脓肿和支气管扩张合并感染等。
皮肤和软组织感染：疖、痈、脓肿、蜂窝组织炎、创伤、烧伤和手术后感染等。
泌尿系统感染：急性尿道炎、急性肾盂肾炎、前列腺炎等。
其它：骨髓炎、败血症、腹膜炎和口腔感染等。
厌氧菌引起的各种感染性疾病：
脓胸、肺脓肿和厌氧菌性肺炎。
皮肤和软组织感染、败血症。
腹腔内感染：腹膜炎、腹腔内脓肿。
女性盆腔及生殖器感染：子宫内膜炎、非淋球菌性输卵管及卵巢脓肿、盆腔蜂窝组织炎及妇科手术后感染等。
成人：深部肌肉注射或静脉滴注给药，剂量如下：
中度感染： 0.6-1.2g/日，分2、3、4等剂量，每12、8、6小时一次；
严重感染： 1.2-2.7g/日，分2、3、4等剂量，每12、8、6小时一次。或遵医嘱。
儿童：肌肉注射或静脉滴注给药，剂量如下：
中度感染： 15-25mg/kg/日，分3或4等剂量，8或6小时一次；重度感染：25-40mg/kg/日，分3或4等剂量，8或6小时次；或遵医嘱。
肌肉注射需将本品用生理盐水配制成50mg/ml-150mg/ml澄明液体并即时使用。
静脉滴注需将本品0.6g用100-200ml生理盐水或5%葡萄糖液稀释成≤6mg/ml浓度的药液，静脉滴注30分钟。国外文献显示，克林霉素磷酸酯注射剂不良反应情况如下：
胃肠道反应：常见恶心、呕吐、腹痛、腹泻等；严重者有腹绞痛、腹部压痛、严重腹泻 (水样或脓血样)，伴发热、异常口渴和疲乏 (假膜性肠炎)。腹泻、肠炎和假膜性肠炎可发生在用药初期，也可发生在停药后数周。
血液系统：偶可发生白细胞减少、中性粒细胞减少、嗜酸性粒细胞增多和血小板减少等；罕见再生障碍性贫血。
过敏反应：可见皮疹、瘙痒等，偶见荨麻疹、血管性水肿和血清病反应等，罕见剥脱性皮炎、大疱性皮炎、多形性红斑和Steven-Johnson综合征。
肝、肾功能异常，如血清氨基转移酶升高、黄疸等。
静脉滴注可能引起静脉炎：肌内注射局部可能出现疼痛、硬结和无菌性脓肿。
其他：耳鸣、眩晕、念珠菌感染等。
下列情况应慎用：
胃肠疾病或有既往史者，特别如溃疡性结肠炎、局限性肠炎或抗生素相关肠炎；
肝功能减退；
肾功能严重减退。
用药期间须密切注意大便次数，如出现排便次数增多，应注意伪膜性肠炎的可能。如出现伪膜性肠炎，轻症单独停药可望有效，中等至重症患者需补充水，电解质和蛋白质。如经上述处理无效可选用万古霉素口服，一次0.125-0.5g，每日4次。
为防止急性风湿热的发生，用本类药物治疗溶血性链球菌感染时的疗程至少为10日。
不宜加入组成复杂的输液中，以免发生配伍禁忌。
和青霉素、头孢菌素类抗生素无交叉过敏反应，可用于青霉素过敏者。
与林可霉素间有交叉耐药性。
克林霉素可增强神经肌肉阻滞剂的作用，两者应避免合用。
体外试验显示克林霉素与氯霉素或红霉素具拮抗作用，应避免合用。
与抗蠕动止泻药，含白陶土止泻药同用，可使结肠内毒素延迟排出，从而导致腹泻延长和加剧，有引起伴严重水样腹泻的伪膜性肠炎可能，故不宜同用。
可增强吸入性麻醉药的神经肌肉阻断现象，在手术中或术后同用时应注意。
与阿片类镇痛药合用有导致呼吸抑制延长或引起呼吸麻痹的可能，故必须对病人进行密切观察或监护。
与氨苄青霉素、苯妥英钠、巴比妥盐酸盐、氨茶碱、葡萄糖酸钙及硫酸镁可产生配伍禁忌，不宜合用。
本品与新生霉素、卡那霉素在同时静滴时有配伍禁忌。
遗传毒性： Ames沙门菌属回复突变试验和大鼠微核试验结果均为阴性。
生殖毒性：大鼠经口给予本品剂量为300mg/kg，未见对动物的交配和生育力有影响。大鼠和小鼠分别经口给予克林霉素剂量高达600mg/kg或皮下注射剂量为250mg/kg，结果未见有致畸胎作用。然而，尚无在妊娠妇女上进行充分和严格的临床研究，动物的生殖研究并不能完全预测人类的反应。
致癌性：在动物上尚未进行长期致癌潜在性的研究。