本品适用于革兰氏阳性菌引起的下列各种感染性疾病：
扁桃体炎、化脓性中耳炎、鼻窦炎等。
急性支气管炎、慢性支气管炎急性发作、肺脓肿和支气管扩张合并感染等。
皮肤和软组织感染：疖、痈、脓肿、蜂窝组织炎、创伤和手术后感染等。
泌尿系统感染：急性尿道炎、急性肾盂肾炎、前列腺炎等。
其他：骨髓炎、败血症、腹膜炎和口腔感染等。
本品适用于厌氧菌引起的各种感染性疾病：
脓胸、肺脓肿、厌氧菌性肺炎。
皮肤和软组织感染、败血症。
腹内感染：腹膜炎、腹腔内脓肿。
女性盆腔及生殖器感染：子宫内膜炎、非淋球菌性输卵管及卵巢囊肿、盆腔蜂窝组织炎及妇科手术后感染等。
本品可静脉滴注给药，也可肌肉注射给药。
成人，剂量如下：
中度感染： 0.6-1.2g/日，可分为2次（每12小时1次）、3次（每8小时1次）或4次（每6小时1次）；
严重感染： 1.2-2.4g/日，可分为2次（每12小时1次）、3次（每8小时1次）或4次（每6小时1次），或遵医嘱。
儿童，剂量如下：
中度感染： 15-25mg/kg/日，可分为3次（每8小时1次）或4次（每6小时1次）；
重度感染： 25-40mg/kg/日，可分为3次（每8小时1次）或4次（每6小时1次），或遵医嘱。
国外文献显示，克林霉素磷酸酯注射剂不良反应情况如下：
胃肠道反应：常见恶心、呕吐、腹痛、腹泻等，严重者有腹绞痛、腹部压痛、严重腹泻（水样或脓血样）．伴发热、异常口渴和疲乏（假膜性肠炎）。腹泻、肠炎和假膜性肠炎可发生在用药初期，也可发生在停药后数周。
血液系统：偶可发生白细胞减少、中性粒细胞减少、嗜酸性粒细胞增多和血小板减少等；罕见再生障碍性贫血。
过敏反应：可见皮疹、瘙痒等，偶见荨麻疹，血管性水肿和血清病反应等，罕见剥脱性皮炎，大疱性皮炎、多形性红斑和Steven-Johnson综合征。
肝、肾功能异常，如血清氨基转移酶升高，黄疸等。
静脉滴注可能引起静脉炎；肌内注射局部可能出现疼痛、硬结和无菌性脓肿。
其他：耳鸣、眩晕、念珠菌感染等。
和青霉素、头孢菌素类抗生素无交叉过敏反应，可用于青霉素过敏者。
与氨苄青霉素、苯妥英钠、巴比妥盐酸盐、氨茶碱、葡萄糖酸钙及硫酸镁可产生配伍禁忌；与红霉素呈拮抗作用、不宜合用。
肝、肾功能损害者、胃肠疾患如溃疡性结肠炎、局限性肠炎、抗生素相关肠炎的患者要慎用。
使用本品时，应注意可能发生伪膜性肠炎。如出现伪膜性肠炎，先进行补充水、电解质、蛋白质；然后给甲硝唑口服，0.25g-0.5g，一日3次，无效时再选用万古霉素口服0.125g-0.5g，每日4次进行治疗。
克林霉素具有神经肌肉阻滞作用，可能会提高其他神经肌肉阻滞剂的作用。所以，凡使用这些药物的病人应慎用克林霉素。
业已证实克林霉素与红霉素、氯霉素之间的拮抗作用具有临床意义，两种药物不应同时使用。
本品与新生霉素、卡那霉素、氨苄青霉素、苯妥英钠、巴比妥盐酸盐、氨茶碱、葡萄糖酸钙及硫酸镁可产生配伍禁忌。
本品与阿片类镇痛药合用，可能使呼吸中枢抑制现象加重。
遗传毒性：Ames沙门氏菌属回复突变试验和大鼠微核试验结果均为阴性。
生殖毒性：大鼠经口给予本品剂量为0.3g/kg，未见对动物的交配和生育力有影响。大鼠和小鼠分别经口给予克林霉素剂量高达0.6g/kg或皮下注射剂量为0.25mg/kg，结果未见有致畸胎作用。然而，尚未对妊娠妇女进行充分和严格的临床研究，动物的生殖研究并不能完全预测人类的反应。
致癌性：在动物上尚未进行长期致癌潜在性的研究。