在两个多中心的临床研究中，270例患者口服甲硝唑缓释片，一次750mg，一日一次，连续服用7天。287例患者用对照药经阴道内给药，一日一次，连用7天。
绝大部分不良事件为轻到中度，接受甲硝唑治疗主诉头痛的患者中，10%为重度，主诉恶心的患者中，不到2%为重度。9%的是主诉有口腔金属味。
外阴，阴道念珠菌病是由于多种抗菌药治疗所致。在该多中心临床试验中，试验组与对照组在酵母菌性阴道炎的发生率上无统计学显著性差异。
治疗组中发生率≥2％的副作用如下(无论是否与治疗有关)。
以下不良反应在甲硝唑治疗中也有报道：
中枢神经系统：
接受甲硝唑治疗的患者报道的两个严重的副反应为惊厥发作与外周神经炎，后者主要表现为四肢麻木和感觉异常。由于在一些长期接受甲硝唑治疗的患者中有持续性外周神经炎的报道，应特别向患者提示这些副反应，一旦出现任何神经症状要立即停药并向医生报告。另外，患者中也有头晕，眩晕，共济失调，易激怒，精神错乱，抑郁，虚弱和失眠的报告。
胃肠道:
最常见的不良反应与胃肠道有关，大约12％的患者出现显著的恶心，有时伴有头疼，厌食，偶有呕吐，腹泻，上腹部疼和上腹部痉挛痛。便秘也有报道。舌苔厚，舌炎，口腔炎也有发生，这可能与治疗过程中发生念珠菌属的突然增生有关，有极少例在药物撤退中发生胰腺炎的报道。
造血系统：有可逆性白细胞减少症与罕见的可逆性血小板减少症。
心血管系统：心电图上可见T波低平。
过敏症状：有荨麻疹，红斑疹，面部潮红，鼻充血，口干、阴道或外阴干燥，发热。
肾脏:
有排尿困难，膀胱炎，多尿症，尿失禁等症状；及盆腔压迫感。10万例中约有一例深色尿的报道。虽然尚未确定是那种色素，但几乎可以肯定是甲硝唑的代谢产物，目前看来没有临床意义。
其他：
其他症状有阴道念珠菌增生，性交困难，性欲减低，直肠炎，和类似血清病的一过性关节痛。接受甲硝唑治疗的患者如果饮用酒精饮料可以出现腹痛，恶心，呕吐，面部潮红或头痛。也有报道酒精饮料的口感会发生改变。
患克隆氏病的患者胃肠道及胃肠道外肿瘤发生率增高。医学文献报道长期大剂量服用甲硝唑的克隆氏病人中有乳腺癌和结肠癌的报道。克隆氏病不是灭滴灵缓释片的常规适应症。本品禁用于下列情况：
严重肝病患者甲硝唑代谢缓慢，最终导致甲硝唑及其代谢产物在血浆中蓄积。因此，在这类患者用量应低于常规剂量，并谨慎用药。
甲硝唑治疗期间会使念珠菌病症状加重，需用抗真菌药进行治疗。
服药期间和服药后三天内避免酒精饮品。
有血液异常或血液异常史的患者需谨慎用药。
在甲硝唑治疗期间可见轻度白细胞减少，重复用药前后应进行白细胞计数和分类检查。
一旦出现异常神经系统症状需立即终止应用甲硝唑。有中枢神经系统疾病的患者需谨慎用药。
甲硝唑能增强华法令和其它口服香豆素抗凝血剂的抗凝血作用，导致凝血酶原时间延长。
同时应用诱导肝脏微粒体酶的药物，如苯妥英或苯巴比妥，可加速甲硝唑清除，导致其血药浓度降低。有报道提示甲硝唑会减弱苯妥英的清除。
同时应用降低肝脏微粒体酶的药物，如西咪替丁，会降低甲硝唑的血浆清除率，延长半衰期。
接受大剂量锂治疗的患者，甲硝唑短期应用会使血清锂上升，一些病例出现锂中毒症状。甲硝唑治疗几天后需要测定血清锂和血清肌酐水平以监测锂中毒临床症状出现前可能出现的血清锂浓度升高。
在同时应用甲硝唑和双硫仑的酗酒患者中有出现精神症状的报道。最近两星期内曾服用双硫仑的患者应避免应用甲硝唑。在甲硝唑治疗期间和停药后三天内避免接触酒精饮品，否则可能会发生腹部痉挛，恶心，呕吐，头痛和面部潮红。
甲硝唑可影响某些血生化值的测定，如天冬氨酸盐转氨酶（AST，SGOT谷草转氨酶），丙氨酸转氨酶（ALT，SGPT谷丙转氨酶），乳酸脱氢酶（LDH），甘油三脂和己糖激酶葡萄糖，可使测定值为0。所有受影响的检测都与辅酶氧化还原过程中的酶偶联有关（NAD= ≒NADH）。影响因素是由于还原型烟酰胺二核苷酸（340nm）与甲硝唑（322nm）在pH为7时的吸收峰值相似。
致畸作用：在小鼠中进行的6倍于人体最大推荐剂量(mg/m2 )的甲硝唑致畸研究，未见明显致畸作用。
致癌、致突变作用： 六项在小鼠中进行的研究均发现肺部肿瘤，包括一项间断给药研究(每四星期给药一次)。雄性小鼠以1500mg／m2 灌. 给药，肝脏恶性肿瘤的发生率上升。这一剂量约为临床推荐剂量的三倍。小鼠终生服药恶性淋巴瘤和肺部肿瘤的发生率升高(根据已发表数据)。雌性小鼠口服甲硝唑后与对照组相比，乳腺肿瘤和肝脏肿瘤的发生率升高。对大鼠进行的致癌研究显示为阴性。甲硝唑的体外研究包括艾姆斯氏试验显示有致突变作用。在哺乳动物中进行的研究未发现有基因损害作用。
