用药初期常发生头痛(所谓硝酸盐性头痛)，通常可在继续用药几天后消失。初次给药或剂量增加时，常常会有血压降低和(或)体位性低血压并伴有反射性脉率增加以及乏力、头晕的感觉，有时会有恶心、呕吐、瞬间皮肤发红发热和皮肤过敏反应。在少数情况下，可以出现严重的血压降低并伴有心绞痛症状加重(硝酸盐的矛盾效应)和(或)显著的矛盾性心动过缓。偶见报道有虚脱和昏厥(突然丧矢知觉)。在个别情况下可能发生表皮脱落性皮炎(炎症性皮肤病)。
有人描述过持续长期使用高剂量5-单硝酸异山梨酯产生耐药性和其他硝基化合物的交叉耐药性，应当避免持续高剂量使用，以防止效用的减弱或丧失。注意：使用本品后，因血流的相对重新分布进入换气不足的肺小泡区域，会出现短暂性动脉血供氧不足。冠心病患者可因此导致心肌缺血。当您注意到任何上述末提到的不良反应时，请通知您的医师或药师。以下患者禁用本品：
对硝基化合物或其他任何成份过敏者；
急性心肌梗塞并低充盈压；
左心功能不全并低充盈压；
休克状态：严重低血压(收缩压低于90mmHg)；
心肌疾病并心内容秋受限(肥厚梗阻型心肌病)；
缩窄性心包炎；
心包填塞；
合并使用两地那非(VIAGRA)，因西地那非可明显增强单硝酸异山梨酯的降血压作用。给不明原因的肺循环高压(原发性肺动脉高压)的病人使用本品，由于对肺通气不足部分血流供应相对增加的结果，可以导致动脉血氧含量的暂时降低(低氧血症)，这种情况特别见于心脏冠状血管循环紊乱(冠心病)的病人。
因本品可增高眼内压，青光眼患者慎用。
在下列情况下需要特别小心的医疗监护：
主动脉瓣狭窄和(或)二尖瓣狭窄：有循环调节紊乱倾向(体位性低血压)的病人；
伴有颅内压升高的疾病(到日前为止进一步压力增加只见于二静脉输入高剂量硝酸甘油后)；
严重肾功能损害的病人。
同时应用降低血压的药物(抗高血压药)、β-阻断剂、钙拮抗剂、其他扩血管药、安定药或三环抗抑郁药或酒精，可能增加本品的降血压效应。
同时应用一氧化二氮供体，如本品中的活性成份和西地那非(VIAGRA)，抗高血压作用可明显加强。本品可加强双氢麦角胺的升血压效应。同时服用非甾醇类抗风湿药药能会使本品的效应降低。急性毒性
单硝酸异山梨酯LD50(mg/kg体重)
长期毒性/亚急性毒性
大鼠长期毒性试验研究表明无毒性作用。给狗按191mg/kg体重口服单硝酸异山梨酯，高铁血红蛋白水平比给药前增加2.6%，血浆中亚硝酸盐的浓度在检测限以内(低于0.02mg/l)，碱式磷酸盐及GPT都没有变化。
致突变和致癌性：在多项致突变试验研究中(包括体内和体外实验)，均未发现其具有致突变性。大鼠长期实验研究也未发现其有致癌可能性。
生殖毒性：在动物胚胎、出生前及出生后的发育状况的研究中，未见单硝酸异山梨酯有致畸作用。