主要用于
消化性溃疡出血、吻合口溃疡出血。
应激状态时并发的急性胃黏膜损害、非甾体类抗炎药引起的急性胃黏膜损伤；
预防重症疾病（如脑出血、严重创伤等）应激状态及胃手术后引起的上消化道出血等；
全身麻醉或大手术后以及衰弱昏迷患者预防胃酸反流所致的吸入性肺炎；
作为当口服疗法不适用时下列病症的替代疗法：十二指肠溃疡、胃溃疡、反流性食管炎及Zollinger-Ellison综合征。
本品应溶于100ml 0.9%氯化钠注射液或100ml 5%葡萄糖注射液中静脉滴注。一次40mg，应在20-30分钟或更长时间内静脉滴注，每日1-2次。
Zollinger-Ellison综合征患者每日剂量可能要求更高，剂量应个体化，推荐静脉滴注60mg作为起始剂量，每日1次，当每日剂量超过60mg时分两次给予。禁止用其它溶剂或药物溶解和稀释。配制指导将本品40mg完全溶于100ml 0.9%氯化钠注射液或100ml 5%葡萄糖注射液中。本品溶于5%葡萄糖注射液后应在6小时内使用，而溶于0.9氯化钠注射液后可在12小时内使用。配制后即可立刻开始静脉滴注。
配制注意：步骤1～5依次进行。
用无菌注射器从输液瓶或输液袋中抽取5ml输液
将5ml输液注入装有奥美拉唑冻干粉的小瓶中，完全溶解
用无菌注射器将奥美拉唑溶液抽回注射器内
将奥美拉唑溶液注入输液瓶或输液袋中
重复1-4步，确保所有的奥美拉唑被转移至输液瓶或输液袋中输液袋中配制注射液的替代方法
用两端带有针头的转移针，一端与输液袋滤膜端相接，另一端与有奥美拉唑冻干粉的小瓶相连。
在输液袋与小瓶间通过来回泵入输液使奥美拉唑冻干粉溶解。
确保所有的奥美拉唑溶解后，移去空瓶及输液袋相连的针头。配伍禁忌配制的溶液不应与其他药物混合或在同一输液装置中合用。
奥美拉唑的耐受性良好，不良反应多为轻度和可逆。下列不良反应为临床试验或常规使用中所报告，但在许多病例中与奥美拉唑治疗本身的因果关系尚未确定。
下述不良反应中：“常见”是指发生率≥1%；但＜10%“偶见”是指发生率≥0.1%，但＜1%“罕见”是指发生率≥0.01%，但＜0.1%
常见
中枢和外周神经系统：头痛
消化系统：腹泻、便秘、腹痛、恶心/呕吐和腹胀
偶见
中枢和外周神经系统：头晕、感觉异常、嗜睡、睡眠障碍和眩晕
肝胆：肝酶升高
皮肤：皮疹、皮炎和（或）瘙痒、荨麻疹
其它：乏力
罕见
中枢和外周神经系统：可逆性意识错乱、激动、攻击、抑郁和幻觉，多见于重症患者
内分泌系统：男子女性型乳房
消化系统：口干、口炎和胃肠道念珠菌病
血液系统：白细胞减少、血小板减少、粒细胞缺乏症和全血细胞减少
肝胆：脑病（见于先前有严重肝病患者），肝炎或黄疸性肝炎、肝衰竭
肌肉与骨骼：关节痛、肌无力和肌痛
皮肤：光敏反应、多形性红斑、脱发
其它：过敏反应，例如血管性水肿、发热、支气管痉挛、间质性肾炎和过敏性休克。
出汗增多、外周水肿、视力模糊、味觉障碍和低钠血症
曾有文献报道，个例重症患者接受高剂量奥美拉唑静脉注射后出现不可逆性视觉损伤。有报道发现个别病例发生Stevens-Johnson综合征及中毒性表皮坏死松解症，但未确定其发生与奥美拉唑有因果关系。临床试验提示，奥美拉唑与克林霉素联合用药可增加中枢神经系统（主要是头痛）及胃肠道不良反应的发生率。因为本品可使胃内酸度下降，有些药物的吸收可能会有所改变。因此在用奥美拉唑或其它酸抑制剂或抗酸剂治疗时，酮康唑和伊曲康唑的吸收会下降。
由于奥美拉唑在肝脏中通过细胞色素F4502C19（ＣYP2C19）代谢，会延长其它酶解物如地西泮、华法林（R—华法林）和苯妥英的清除。本品与华法林和苯妥英治疗时应给予监测，必要时应予减低华法林或苯妥英之剂量。持续使用苯妥英治疗的患者同时每天一次给予本品20mg，苯妥英的血药浓度并不受影响。同样，持续使用华法林治疗的病人同时每天一次给予本品20mg，并不改变凝血时间。
当奥美拉唑与克拉霉素合用时，它们的血药浓度会上升。但与甲硝唑或阿莫西林合用时，无相互作用。这些抗生素与奥美拉唑合用可根除幽门螺杆菌。