口服，不可咀嚼。
消化性溃疡：一次20mg (一次1粒)，一日1-2次、每日展起吞服或早晚各一次，胃溃疡疗程通常为4-8周，十二指肠溃疡疗程通常为2-4周。
反流性食管炎：一次20-60mg (一次1-3粒)，一日1-2次。晨起吞服或早晚各一次，疗程通常为4-8周。
卓-艾综合征：一次60mg (一次3粒)，一日1次，以后每日总剂量可根据病情调整为20-120mg(1-6粒)，若一日总剂量需超过80mg (4粒) 时，应分为两次服用。
本药耐受性较好，不良反应可能包括：
消化系统：可有口干、轻度恶心、呕吐、腹胀、便秘、腹泻、腹痛等；丙氨酸氨基转移酶 (ALT)、天门冬氨酸氨基转移酶 (AST) 和胆红素可有升高，—般是轻微和短暂的，大多不影响治疗。另有国外资料报道在长期使用奥美拉唑治疗的患者的胃体活检标本中可观察到胃粘膜细胞增生或萎缩性胃炎的表现。
神经精神系统：可有感觉异常，头晕、头痛、嘻睡、失眠、外周神经炎等。
代谢，内分泌系统：长期应用奥美拉唑可导致维生素B12缺乏。
其他：可有皮疹、男性乳房发育、溶血性贫血等。
肾功能不全及严重肝功能不全者慎用
药物对诊断的影响：
奥美拉唑可抑制胃酸分泌，使胃内PH值升高，反馈性地使胃粘膜中的G细胞分泌促胃泌素水平升高；
奥美拉唑可使C13-尿素呼气试验 (UBT) 结果出现假阴性，其机制可能是奥美拉唑对幽门螺杆菌 (HP) 有直接或间接的抑制作用，临床上应在奥美拉唑治疗后至少4周才能进行C13-尿素呼气试验。
用药前后及用药时应当检查或监测的项目：
疗效监测：治疗消化性溃疡时，应进行内镜检查了解溃疡是否愈合，治疗Hp相关的消化性溃疡时，可在治疗完成后4-6周进行UBT试验，以了解Hp是否已被根除；治疗卓-艾综合征时，应检测基础胃酸分泌值是否小于10mEq/h (即治疗目标)。
毒性监测：应定期检查肝功能：长期服用者，应定期检查胃粘膜有无肿瘤样增生，用药超过3年者还应监测血清维生素B12水平。
治疗胃溃疡时，应首先排除癌症的可能后才能使用本药。因用本药治疗可减轻其症状，从而延误诊断。
为防止抑酸过度，在治疗—般消化性溃疡时，建议不要长期大剂量地使用本药 (卓-艾综合征时除外)。
奥美拉唑可使胃内呈碱性环境，使酮康唑和伊曲康唑等药物的吸收下降。
当奥美拉唑与克拉霉素或红霉素合用时，它们的血药浓度会上升。但与甲硝唑或阿莫西林合用时，无相互作用。
奥美拉唑具有酶抑制作用，与经肝脏细胞色素P450系统 (CYP2C19) 代谢的药物如双香豆素、华法林、地西泮、苯妥英钠等合用时，可使后者的半衰期延长，代谢缓慢。
奥美拉唑的抑酸作用可影响铁剂吸收。
奥美拉唑可改变胃内PH值，从而使缓释和控释制剂受到破坏，药物溶出加快。
奥美拉唑与其它药物相互作用研究表明，每日口服奥美拉唑20-40mg不影响其他相关的CYP同工酶，与下列酶底物无代谢性相互作用，如CYP1A2 (咖啡因、非那西丁、茶碱)、CYP2C9 (S-华法林、吡罗昔康、双氯芬酸和萘普生)、CYP2D6 (美托洛尔、普萘洛尔)、CYP2E1 (乙醇) 和CYP3A (利多卡因、奎尼丁、雌二醇、布地奈德)。
