本品最常见的不良反应是发热，其他不良反应主要包括：
全身反应：乏力、胸痛、腿浮肿、结膜炎；
消化系统：恶心、呕吐、便秘、腹泻、腹痛、吞咽困难、厌食；
心血管系统：低血压；
血液和淋巴系统：贫血、低钾血症、低镁血症、低钙血症、低磷血症、粒细胞减少，血小板减少，全血细胞减少；
肌肉与骨骼：骨痛，关节痛，肌肉痛；
肾脏：血清中肌酸酐值升高（与给药时间有关）；
神经系统：失眠，焦虑，兴奋，头痛、嗜眠；
呼吸系统：呼吸困难，咳嗽，胸腔积液；
感染：泌尿道感染，上呼吸道感染；
代谢系统：厌食，体重下降，脱水；
其它：流感样症状，注射部位出现红肿，皮疹，搔痒等。
唑来膦酸的毒副反应多为轻度和一过性的，大多数情况下无需特殊处理会在24-48小时内自动消退。服用了抗凝药（香豆素衍生物）、降糖药（胰岛素）、含碘药物、降脂药和一些促进胃酸分泌药物的患者，治疗前请告之医生。
左甲状腺素是一种胰岛素拮抗剂，可减少胰岛素和口服降糖药的降糖效果。因此对于糖尿病患者服用甲状腺素治疗，特别是在甲状腺素初始治疗阶段，需定期监测血糖，凋整降糖药剂量。
与香豆素衍生物同时服用时，甲状腺素可增加其药效，这是因为左甲状腺素可置换血浆蛋白结合的抗凝剂。因此如左甲状腺素与抗凝剂同服时，需定期检查血凝指标，必要时调整抗凝剂用量（减量）。
因为消胆胺能抑制机体吸收左甲状腺素，所以左甲状腺素与消胆胺同服时，两种药物需分开服用，间隔4-5小时。
水杨酸盐、双香豆素、大剂量速尿(250mg)、安妥明和苯妥英钠可置换血浆蛋白上的左甲状腺素。
静脉快速注射苯妥英钠可导致血浆游离的左甲状腺素和三碘甲腺原氨酸水平升高，个别病例可出现心律失常。急性毒性作用：左甲状腺素的急性毒性作用极低，意外服用（如服用大剂量自杀）10mg左甲状腺素也无明显副作用。除冠状动脉病变患者外，左甲状腺素不会产生威胁到生命功能的严重并发症（如呼吸和循环系统）。
慢性毒性作用：对各种实验动物（大鼠、狗）进行左甲状腺素的长期毒性作用观察。结果显示高剂量左甲状腺素，会使大鼠产生肝脏病变、自发性肾病和器官重量改变，而狗未见到明显的副作用。
有数例长期滥用左甲状腺素引起心源性突然死亡的报道。
致癌和致畸作用：目前还没有长期的动物实验研究，也没有证据表明甲状腺激素会通过改变基因对后代产生危害，即无致畸性的报道。遗传毒性：本品Ames细菌回复突变试验、中国仓鼠卵巢细胞染色体畸变试验、中国仓鼠基因突变试验和大鼠微核试验结果均为阴性。
雌性大鼠从交配前15天至怀孕期结束皮下注射本品0.01、0.03或0.1mg/kg/日（AUC为人静脉注射4mg时的0.07、0.2和1.2倍），高剂量组动物出现排卵抑制和受孕率下降。中剂量和高剂量组动物均出现胚胎植入前丢失增加、植入胚胎数及活胎数减少，新生鼠的存活率下降。所有剂量组母鼠均出现难产及围生期死亡率增加。母鼠死亡的原因可能与药物抑制骨钙动员，导致围生期低血钙有关，这可能是双膦酸类药物共有的作用。
雌性大鼠怀孕期间皮下注射本品0.1、0.2或0.4mg/kg/日（AUC为人静脉注射时4mg的1.2、2.4或4.8），中、高剂量组动物出现胚胎植入前或植入后丢失增加、活胎数减少、胎仔骨骼、内脏和外观畸形。高剂量组动物胎仔的骨骼畸形表现为未骨化和骨化不全，骨骼增厚、弯曲或缩短等。高剂量组还可见晶状体缩小、小脑发育不全、肝小叶缩小或缺失、肺叶变形、血管扩张、腭裂、水肿等毒性反应。低剂量组动物胎仔也出现骨骼畸形。本试验中高剂量组母体动物出现体重和摄食量下降，提示试验已达到最高药物暴露水平。
妊娠家兔皮下给予本品0.01、0.03、0.1mg/kg/日（AUC小于或等于人静脉注射4mg时的0.5倍），未观察到本品对胎仔的毒性。各用药组动物（按相对体表面折算，剂量大于或等于人静脉用药剂量4mg的0.05倍）均出现母体死亡和流产，此现象可能与药物引起的低血钙有关。
致癌性：采用小鼠和大鼠进行了常规终生致癌试验研究。小鼠经口给予本品0.1、0.5、2.0mg/kg/日（按相对体表面折算，剂量大于或等于人静脉用药剂量4mg的0.002倍），所有给药组动物Harderian（副泪腺）腺癌的发生率增加。大鼠经口给予本品0.1、0.5、2.0mg/kg/日(按相对体表面折算，剂量小于或等于人静脉用药剂量4mg的0.2倍)，未见肿瘤发生率的增加。