常见不良反应有乏力、头痛、嗜睡、口干、胃肠道不适（包括恶心、胃炎）以及皮疹等。偶见嗜睡，健忘及晨起面部肢端水肿。罕见不良反应有视觉模糊、血压降低或升高、晕厥、癫痫发作、乳房肿大、脱发、过敏反应、肝功能异常、心动过速、心悸、运动机能亢进、黄疸、肝炎、肝坏死、多形性红斑等。
文献报道，约300名6～12岁的儿童患者参加的随机对照临床试验中，口服氯雷他定10mg，每天1次，连续用药8～15天。其中188名儿童使用氯雷他定糖浆10mg/天。不良反应发生的类别和频率与成人相似。氯雷他定10mg所致的发育终止的发生率小于1%。不良反应发生情况如表1所示。
表1. 安慰剂对照的过敏性鼻炎患者口服氯雷他定，发生率大于2%的副作用
| 氯雷他定10mg QD n=188 | 安慰剂 QD n=262 | 扑尔敏2~4mg BID/TID n=170 | |
| 神经质 | 4 | 2 | 2 |
| 喘鸣 | 4 | 2 | 5 |
| 疲劳 | 3 | 3 | 5 |
| 运动功能亢进 | 3 | 1 | 1 |
| 腹痛 | 2 | 0 | 0 |
| 结膜炎 | 2 | <1 | 1 |
| 发音困难 | 2 | <1 | 0 |
| 不适 | 2 | 0 | 1 |
| 上呼吸道感染 | 2 | <1 | 0 |
在一项双盲、安慰剂对照的临床试验中，60名2～5岁患儿接受氯雷他定每天5mg，14天，未观察到非预期的不良反应。与2～5岁患者使用氯雷他定糖浆治疗有关的发生率在2～3%的不良反应包括：腹泻、鼻出血、咽炎、流感样症状、疲劳、口炎、牙齿不适、耳痛、病毒感染和皮疹。
除了上述发生率大于2%的不良反应以外，还发现以下不良反应：
自主神经系统：
流泪、流涎、潮红、感觉迟钝、阳萎、多汗、口干。
一般状况：
血管神经性水肿、虚弱、背痛、视物模糊、胸痛、耳痛、眼痛、腿部抽筋、抑郁、寒颤、耳鸣、病毒感染、体重增加。
心血管系统：
高血压、低血压、心悸、室上性快速性心律失常、晕厥、心动过速。
中枢和外周神经系统：
眼睑痉挛、眩晕、发音困难、张力过强、偏头痛、感觉异常、震颤。
胃肠道系统：
味觉改变、食欲下降、便秘、腹泻、消化不良、胃胀、胃炎、呃逆、食欲增加、恶心、呕吐。
肌肉骨骼系统：
关节痛、肌痛。
精神神经系统：
激动、健忘、焦虑、精神错乱、性欲下降、抑郁，注意力不集中、失眠、易怒。
生殖系统：
乳房痛、痛经、月经过多、阴道炎。
呼吸系统：
支气管炎、支气管痉挛、咳嗽、呼吸困难、咯血、喉炎、鼻干、咽炎、鼻窦炎、喷嚏。
皮肤及附属器官：
皮炎、毛发干燥、皮肤干燥、光敏反应、瘙痒症、紫癜、风疹。
泌尿系统：
尿频、尿液外观颜色改变、尿失禁、尿潴留。
另外，服用本品还可偶发肝功异常（包括黄疸、肝炎和肝坏死）、秃发、过敏反应、乳腺增生、多形红斑、周围性水肿、白小板减少症、癫痫。精神运动试验研究表明，本品与酒同时服用时不会产生药力相加作用；
抗组胺药能清除或减轻皮肤对所有变应原的阳性反应，因此在作皮试前约48小时应停止使用氯雷他定；
本品对心脏功能无影响，但偶有心律失常报道，有心律失常病史者应慎用；
对肝功能不全者，消除半衰期有所延长，请在医生指导下使用，可按10mg/次，隔日1次服用。
肾功能不全者慎用。
同时服用酮康唑、大环内酯类抗生素、西咪替丁、茶碱等药物，会提高氯雷他定在血浆中的浓度，应慎用。其他已知能抑制肝脏代谢的药物，在未明确与氯雷他定相互作用前应谨慎合用。
如正在服用其他药品，使用本品前请咨询医师或药师。
遗传毒性：
在Ames试验、正向点突变试验、DNA损伤试验、染色体畸变试验中，均未见氯雷他定有致突变作用。在小鼠淋巴瘤试验中，在非活化状态时，出现阳性结果，活化状态时为阴性。
生殖毒性：
雄性大鼠经口给予氯雷他定，剂量达64mg/kg（按体表面积折算，约相当于临床推荐最大日口服剂量的50倍 ）时，可致生育力下降，表现为雌鼠受孕率降低。经口给予氯雷他定剂量达24mg/kg（按体表面积折算，约相当于临床推荐最大日口服剂量的20倍）时，对雌雄大鼠生育力无影响。大鼠和家兔经口给予氯雷他定剂量达96mg/kg（按体表面积折算，分别约相当于临床推荐最大日口服剂量的75倍和150倍）时，未见致畸作用。
致癌性：
小鼠连续18个月经口给予氯雷他定，剂量达40mg/kg时，雄性小鼠肝细胞瘤（包括腺瘤和癌）的发生率明显增加；大鼠连续2年经口给予氯雷他定’剂量为10mg/kg组雄鼠和25mg/kg组雌雄大鼠肝细胞瘤（包括腺瘤和癌）的发生率明显增加。人长期服用氯雷他定时，上述发现的临床意义尚不明确。