1969年医院组建时，进驻新疆乌鲁木齐市后编制空勤科。其主要任务是：负责疆内空勤航卫人员医疗卫生保障工作；体系部队团职以上干部、离退休人员的体检、保健、疾病诊治；地方政府及企业单位处局级以上干部以及地方干休所离退休老干部的疾病诊治。以常见心血管疾病、神经内科疾病、呼吸系统疾病、糖尿病的矫治为优势，同时开展心理疏导服务。
经过40年几代人的努力，已形成一整套航卫保障管理制度，积累了丰富的临床航空医学经验，熟悉空勤人员疾病矫治、健康鉴定标准。
临床航空医学经验丰富，空勤人员疾病矫治、健康鉴定水平军内先进，技术项目军事特色较强，相关医疗工作成绩显著。
2007年3月，空勤科正式挂牌成立“兰州军区航空医学中心”。 目前科室展开床位35张。
先进设备
1、数字式单道心电图机ECG-101 (深圳)
2、PM-9000便携式多参数监护仪 (深圳)
3、除颤监护仪PowerHeart-AECD (美国)
4、Moritz S/ST双水平正压通气治疗仪 (西安)
5、倾斜床 (空军航空医学研究所)
6、动态心电分析系统holter12.net (北京)
7、无创数字式血压监测仪DS-250 (日本)
8、动态脑电记录仪trackit (英国)
9、睡眠生理记录检测仪SW-SM2000C/24导(北京)
10、多项心理检测仪DXC-4 (第四军医大学)
11、生物反馈治疗仪JD/PW-5 (北京)
12、前庭功能测定仪ENG-V600 (北京)
13、暗适应检查仪YAK-2 (空军航空医学研究所)
14、电子耳镜
专科技术发展方向：临床航空医学是航空医学的重要组成部分，根据新疆地域特点，加强对空勤人员尿路结石早期诊断治疗，腰椎病、高血压病的预防，开展空勤人员代谢综合征、过敏性鼻炎的预防研究。加强飞行航空心理学、卫生学的研究，不断提高临床航空医学水平。
受表彰情况:1996年2月和1997年4月，被军级单位两次表彰为“基层建设标兵单位”，荣立集体三等功两次；1997年8月，被兰空后勤部表彰为“医德医风建设、为部队服务工作先进单位”；2001年 7月，党支部被军级单位党委表彰为“先进基层党组织”；2006年 7月、2008年6月、2010年7月，被分部分别表彰为“先进基层党组织”；2006年底和2010年1月，分别被分部表彰为“基层建设先进单位”。
