针灸科是国家级农村医疗机构特色专科重点建设项目，现为“南京市重点发展科室”。承担南京中医药大学的临床实习教学工作，技术力量强。中医特色浓，在社会上享有一定声誉，患者遍及邻近省市。目前拥有副主任医师1名，主治医师1名，中医师1名，住院医师5名，康复治疗师3名，推拿师2名。     2010年1月开设病区，现设床位35张，主要采取针刺、艾灸、火罐、梅花针、穴位注射、中药熏蒸、推拿、牵引等方法，并配合整脊疗法、浮针疗法、腹针疗法，在治疗各种疼痛、功能性疾病和感觉、运动障碍疾病发面具有独特优势。2011年10月开设康复理疗项目，拥有国内先进的康复理疗仪器，包括：低频、中频、高频、磁振热、低周波、经皮神经电刺激、气压治疗仪等各种康复治疗器材。本科室现已开展：颈椎病、肩周炎、椎间盘突出症、坐骨神经痛、骨关节炎、中风后遗症、脑外伤后遗症、面瘫、失眠、带状疱疹、肥胖病和各种软组织损伤患者的针灸康复治疗。