厦门市第二医院是一所具有专科特色的大型综合医院，始创于1898年的美国教会医院，至今已有112年的历史，百年沧桑铸就了“严谨、至善、团结、进取”的二院精神。1998年、2003年分别与海沧医院、集美医院合并，总部迁至集美，在厦门市六个行政区域中占据2个行政区域，是厦门岛外最大的惟一市属三级综合医院。

    目前医院占地面积10.6万平方米，建筑面积6.66万平方米，实际开放床位802张。医院科室设置齐全，临床科室39个，医技科室15个。职工总数近1300人，其中：专业技术人员占职工总数的84.7%；卫生技术人员专业技术人员总数的95.2%，医学博士、硕士占卫技人员总数的11.4%，其中有多名来自英、美、德、韩等海归博士及博士后。

    医院专科特色突出，始终坚持贯彻名医、名科、名院的“三名”战略。现拥有一个市级医学中心（厦门市呼吸疾病诊治中心）和4个市级规划重点专科（职业病防治中毒救治、慢性肾衰诊疗、泌尿系结石诊治、妇科腔镜）。上述科室是医院重点发展和扶持的科室，在闽西南地区拥有较高知名度。根据医院中长期规划：呼吸内科、泌尿肾脏病诊治、心脑血管病诊治、ICU重症监护、影像诊断、创伤救治、中毒救治、多学科微创诊疗技术应用（腔镜技术）等作为医院重点发展和扶持的科室和专业，并保持技术优势。       医院现拥有大型设备如GE双排、四排全身螺旋CT机各 1 台、GE1.5TMR、DR、数字X线摄影系统；数字化乳腺X光机；TCD；原装进口彩超 6 台；彩色多普勒超生仪；瑞典金宝系列血液透析机 15 台、连续肾替代一体机、中央水处理系统；全自动生化分析仪、全自动发光免疫分析仪；双频双脉冲激光碎石系统；荧光电子支气管镜；人工心肺机；麻醉手术室中央监护系统；ICU中央监护系统；透射电子显微镜；一体化腔镜手术室（全省惟一），以及妇科、泌尿外科、神经外科、胸外科、骨科各专科系列的全套进口腔镜微创手术设备等。各类设备总价值约1.6亿。

    医院作为厦门医学高等专科学校的附属医院，福建医科大学、福建中医学院、厦门大学医学院、莆田学院的教学医院。2009年各类科研课题申报达84项（地市级以上课题54项）。其中，各级课题立项29项：院级17项，区级2项，地市厅级9项，省级1项。