1.精子制造过程不正常。
2.精子不成熟。
3.输送过程的障碍。
所以治疗男性不孕，第一步即是精液分析，因为精液分析是所有不孕症检验中最简单、不具侵入性、不会造成不舒服的检验。通常医生会要求不孕症夫妻，在取精前禁欲三天，男性利用自慰的方式将精液射入无菌取精杯中，然后在一小时内送至医院精液分析室，检验人员会详细分析精液的状况。
根据1992年世界卫生组织所定的精液标准如下：
体积 2毫升以上
酸碱度 7.0～8.0
精子浓度 每毫升2000万以上
活动力 50%以上具有向前游动的精子
精子形态 30%以上正常
存活的精子 75%以上能存活三天
白血球 每毫升少于100万个
精子抗体(MAR) 少于10%的精子有附着的粒子
经精液分析后，若不符合标准，可能有多项原因，包括无精子症、精索静脉曲张、输精管缺陷等等，需经医生详细检查及治疗，如果另一半没有不孕的原因，则可能因为精子本身有抗体及精子不能穿透卵子等问题。
另外，一些长期累积的不确定因素，例如饮食、环境等也可能造成精子数量及精子活动力不足，需从养成良好生活习惯来改善。
不良的生活习惯：例如吸烟、喝酒、吸毒、滥服药物、经常洗桑拿及穿紧身内裤等。根据研究，男性的吸烟者，尼古丁会导致睾丸退化，阻碍精子的制造。
生活环境的污染：例如农药的污染，汽车、工厂排放的废气和重金属等，对男性造精功能及精子和卵子结合能力造成影响。环境中许多化学物质如多氯联苯、戴奥辛及多种塑胶制品等，含有女性激素活性，长期暴露在这些环境下会降低精子制造能力。
生活紧张与压力：个人的情绪、生育责任及工作的压力，都会对大脑控制生育的中枢产生负面的效应。
关于性生活的频度：以往许多人都认为只要在排卵日左右，尤其是排卵当天过性生活，其余的时间休息，就可以一举成功。新的研究却显示，如果一个月才行房一次，先生射出的精液中，常常是衰老的精子，会降低受孕的几率。
补充维生素：精子本身内生性的过氧化物等自由基，不但会使精子的活动力降低，也会降低精子与卵子的结合能力。而维生素C可以产生抗氧化物，能够保护精子的基因，使精子不会受到抗氧化物的伤害。
减少自由基：体内过多的自由基会加速老化及导致慢性病发生，且会导致精子质量不佳。要减低体内的自由基，须从饮食及生活习惯的改善着手。生活习惯的改变包括正常作息、不熬夜及多运动。而在饮食方面，少吃会产生自由基的食物，如油炸类、烧烤类及食品添加物;多吃碱性食物，如海带、紫菜、鲜奶、蛋白、芹菜、菠菜、甘蓝菜、苦瓜、四季豆、柠檬、葡萄、苹果等。
人类生殖学家最近将50年前男性与现代男性的精液质量比较，发现现代男性精液量与精子浓度都较50年前降了一半。目前的精液分析标准，也由15年前的每毫升含6000万个精子，降为每毫升含2000万个。可见随着环境与生活习惯的改变，人类发生不育的几率也逐渐增加。
如果男性生殖系统有问题，部分可请泌尿科及男性学专家治疗来改善。属于不明原因的，可能是由不良的生活与饮食习惯引起，需要加以改正。但需注意的是，生殖系统的问题，并不是经过手术与药物治疗后就可以保证受孕，例如，以往使用药物调整或抑制抗精子抗体，仅对小部分的病人有帮助，大多数夫妻仍需以人工授精或试管婴儿的技术来助孕。
而一些不明原因的不孕症，如生活习惯的改善，可能需要耗费相当长的时间来追踪及治疗。所以对于年轻的夫妇(尤其是太太仍年轻)，先生有不育症的困扰，还可以逐步治疗;但对太太在30岁以上，经过一些时间的治疗与努力后，应需考虑接受人工授精或试管婴儿。
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