最主要的担心就是胎儿先天发育畸形。首先应该知道，先天发育畸形即使在正常女性生育的孩子中也是存在的，发生的比例约为1%--3%。在女性癫痫患者中，这一比例会增加至4%--6%。换言之，先天畸形的风险无处不在，即使正常女性生孩子时也有，只不过癫痫女性的风险稍微大些罢了。总的来讲，胎儿先天畸形的风险并非大到不可接受的程度。
不过在有些情况下，胎儿畸形的风险会增加。例如，多种药物联合治疗、药物剂量过大、使用某些药物（尤其是丙戊酸和苯巴比妥）、以往生过有畸形的孩子、有畸形病例的家族史等。
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