流脑和乙型脑炎虽然都是脑子有病，但是它们不是相同的，而是完全不同的两个病，不要混为一谈。我们可以从以下4个主要方面加以区别。
(1)从引起疾病的病原来看，乙型脑炎是由乙型脑炎病毒引起，乙型脑炎病毒要用电子显微镜放大1万倍以上，才能看见；而流脑是由细菌引起的，脑膜炎双球菌用普通显微镜放大，几百倍就能看到。
(2)从传播途径来看，流脑是借空气，通过人的呼吸道传播；乙型脑炎是由于受到带有乙型脑炎病毒的蚊子叮咬才得病的。
(3)从流行季节看，流脑主要在冬末春初季节流行；而乙型脑炎流行在夏秋季节。
(4)从病变的部位来看，乙型脑炎的毛病主要在脑组织，以大脑、脑干的损害比较严重，医学上叫做脑实质的损害；而流脑的毛病主要发生在脑脊髓膜，特别是蛛网膜及软脑膜，一般脑实质的损害比较轻微，所以称脑膜炎。
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