1)甲状腺的发育不良、缺如和异位：是先天性甲减最常见的原因。近年研究先天性甲减患儿母亲存在一种能阻断诱导甲状腺生长抗体，这种抗体可干扰甲状腺发育。自身免疫性甲状腺炎孕妇体内存在一种免疫球蛋白，可通过胎盘抑制胎儿的甲状腺发育。
甲状腺发育不良的患儿中，部分可能与甲状腺转移因子基因和基因突变有关。动物实验证实部分甲减与促甲状腺受体基因突变有关。
2)甲状腺激素合成障碍：甲状腺合成时需各种酶参与，因某种酶如过氧化酶、偶联酶、脱碘酶和甲状腺蛋白合成酶缺陷导致甲状腺合成障碍。本病常有家族史，大多数为常染色体隐性遗传。
3)下丘脑-垂体性甲减：较为少见，部分伴有其他下丘脑-垂体激素缺乏。
4)暂时性甲减：a.孕母或婴儿生后接触含碘化合物，机体为防止碘过高引起t4升高，形成防御功能，抑制甲状腺球蛋白碘化，减少甲状腺激素合成。动物实验证实胎儿或孕母摄入碘过多均可产生暂时性甲低。 b.母亲服用抗甲状腺药物，药物通过胎盘可影响胎儿甲状腺功能，引起暂时性甲减；c.母亲抗甲状腺抗体，如tsh受体阻断抗体可引起胎儿暂时性甲减，但不会影响甲状腺发育。
5)碘缺乏：见于地方性缺碘地区
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