宫廷御医在民间的话题几乎都是由清宫戏和广告赋予的，在一般的故事描画中，他们医术过人，却大都战战栗栗地在皇权威严下求生存——请脉、开方或施针灸就是他们诊疗的全部。 鲜为人知的是，在清朝前期的宫廷里，也曾有过西洋医学的一席之地，囿于史料，无法判断是否有西洋医生正式任职于太医院；但可以肯定的是，这些人行走宫中，随帝王出巡，进行过相当重要的治疗，他们一直试图实现自己的本来目的——向东方帝国传教，他们的行医成果也影响着当时的中西关系。
为皇帝治病
西洋医生为中国贵族们所做的最有名的治疗莫过于为康熙治疗疟疾，而这次治疗的过程也堪称清宫西医诊疗的典型——并非因为治疗效果显著，而是因为它完全体现了西洋医生在中国宫廷面对的所有矛盾：与帝王的、与中医的，更重要的是他们自己的派系斗争。
1693年5月，康熙染上了疟疾，他率先求助的西洋医生是葡萄牙耶稣会遣来的卢依道神父。6月13日，卢依道受诏入宫，当时，皇帝的病情已较为严重，所有皇子都到齐了，可见其紧张情形。在为康熙把脉后，卢依道告诉他：皇上脉象紊乱，但暂时还无生命危险。
康熙问卢神父是否有治疗此病的好药，答说没有，只能先开一些恢复体力和精神的药方。皇帝没有明确表示自己的不满，让卢依道退下，留下了其他为他诊治的医生。了解些医学史的人都知道，早期治疗疟疾的特效药就是金鸡纳霜，这个知识，卢依道也是晓得的，但他不敢对康熙说。卢依道的顾虑在于他手头没有金鸡纳霜，也不确定澳门有没有，如果向康熙提及此药，以中国皇帝的权威，必命人快马去取，这样未必担保取来的药材还可达到预期的效果——如果无效，后果很严重。
可惜，卢依道并不能垄断清宫的西洋医术，与之竞争的，是法国耶稣会传教士。当时，葡萄牙享有东方保教权，即凡从欧洲前往东方传教者必须向葡萄牙国王宣誓效忠，之后的护照、交通、资金及教区运作，都在葡王管理和支持下进行。然而，1685年，路易十四和法兰西科学院精心挑选了六名法国耶稣会士，以“国王的数学家”名义从法国乘船前往东方，绕开了葡萄牙的特权，其中五名都进入了中国的皇宫，与葡系传教士展开一场独特的“宫斗”。
为康熙献药的，正是这些“国王的数学家”中的张诚和白晋，他们把一种“法国国王分发给全国穷人的药粉”送给康熙，并告诉了他“这些药粉在法国治愈的所有疾病”。
康熙的中医医生并不同意他服用来自法国的药粉，但康熙怕高烧烧坏了自己的脑子，自作主张服用了一半剂量。皇帝当晚就退了热度，但治标不治本，还是持续发病低烧，于是向全城发布告寻求良药。每天均有不少人前来尝试，都没能通过其他病人试药验证，被当做骗子赶走了。
五名法国耶稣会士中的洪若翰与刘应这时抵达了北京，并随身带来一斤金鸡纳霜。康熙当然不会立即服用，照例先让三个病人试药，服药后，这三位被留在宫中观察的病人“一下子都好了”。听到禀报的康熙当天就想服药，被身为太子的二皇子劝阻，禀告此事的索额图等重臣为表明自己尽到了责任，自告奋勇为皇帝试药，康熙同意了。晚上6时，四位重臣当着康熙的面服下金鸡纳霜；而康熙则越等越难过，在凌晨3时便召见了索额图，得知四位试药的大臣都安然无恙后，就毫不犹豫地喝下了金鸡纳霜。
服药效果很好，康熙于是连续服用几日，终得痊愈。皇帝把曾阻止他服用西药的三位御医交给了刑部，他认为他们见死不救；刑部判了三人死罪，康熙则开恩将其改为流放。这位皇帝并不知道是什么药真正治好了他的病，他公开宣布：张诚神父与白晋神父的药粉救了他的命，而洪若翰和刘应神父带给他的金鸡纳霜让他退了烧。为了感谢法国人的救命之恩，康熙把从苏克萨哈那里抄家得来的府邸赏给了他们充作教堂，即著名的西什库教堂北堂原址。
皇帝讨来的西洋医生
那位在治疗康熙疟疾的竞争中斗败了的葡萄牙耶稣会士卢依道，其实是第一位进入中国宫廷服务的医学博士，论专业水准，想必较法国传教士高。他也是康熙通过南怀仁向葡萄牙耶稣会多番讨要后来华的西洋医生，可谓让皇帝得来不易。然而，卢依道在中国的行医经历，却是短暂又不如意。
1685年，在宫中治理历法的南怀仁神父致信耶稣会总会长，信中写道：“皇帝正希望得到一名著名的欧洲医生，这也是我给您写信的原因。”南怀仁还在信中说，派驻医生在宫廷中会成为东方传教事业的根基，并告知总会长“迟疑是很危险的”，如果他们不尽快满足皇帝的愿望，同样传教于此的其他修会将得到这一良机。
南怀仁的担忧变成了现实，1688年，法国耶稣会士白晋、张诚率先入宫，向康熙进讲西方科学知识，并献上了编译好的西医讲义。凭借这些契机，他们恳请康熙解除禁教令，并在1692年获得了成功。
葡萄牙耶稣会应对如此缓慢是出于什么原因不得而知，但即便是卢依道于1691年抵达澳门后，澳门耶稣会仍在他进宫行医方面谨慎而选择从缓。澳门方面自然也知道卢依道进宫的好处，但为人治病并不是一件可以稳操胜券的事，万一治不好皇帝的病，尤其是遇上皇帝病死，造成的灾难后果是他们难以承担的。恰恰是因为了解中国宫廷的艰深，澳门耶稣会放过了抢先的时机。
康熙却一直盼望着葡萄牙方面遣来的医生，并为前往北京的苏霖神父未能带来医生恼怒，直接对苏霖说：“我已经见过你了，你没有必要来此。”受到冷遇的苏霖于是解释道，医生已经到了澳门，但他是初学者，按照惯例还需在澳门的医院见习一段时间，外加学习中国的规矩，这以后便将他送往北京效力。
这个解释只安抚了康熙几天，之后他又开始催促葡萄牙人，马上把医生送来。受到皇帝的不断要求，外加眼见着法国传教士把握住了机会，澳门方面终于在1692年3月让卢依道出发，与他相伴的，是在欧洲长大、同样精于西洋医术的中国人高竹。
卢依道刚进宫就受到了康熙的测试，除让两位西医为自己把脉，询问自己曾患的病症外，康熙还让卢依道为一名患有子宫疾病的妇女治疗。卢依道成功地治愈了患病妇女，赢得了皇帝的赞誉，他的这次施治也在官员们的流传中被渲染为“只给病人把把脉，病人马上就康复了”，一时间，慕名求医者众多。
流言可以成就卢依道，也可以毁掉他。接下来，康熙为卢依道指派了几次治疗，结果都不尽如人意。据卢依道自己的记录，皇帝指派给他的这些贵族患者多不信任他，要么到病入膏肓时才肯接受其放血疗法，要么到死都没有服用卢开的药，也有确实在其力所能及之外的病情。于是官员们又开始流传，说西洋医生治死了人；康熙也逐渐不再信任他，甚至不准他继续行医。最终，由于在前述的疟疾治疗中败给了法国人，卢依道被清廷遣返回澳门。
与卢依道的不如意相比，一同入宫的中国西医高竹要成功得多。他最为重要的一次治疗是处理九皇子的腮腺炎。当时，九皇子的脓肿已达到耳旁，宫中御医皆不敢施治，高竹却大胆建议用烧红的铁器将脓肿刺破。直到皇子病情恶化，无人能治，康熙才勉强接受了他的惊人建议。
高竹的手术把接受治疗的九皇子吓得不省人事，术后仍昏迷不醒。为此，太子斥责他“没有履行职责，直到现在为止所进行的治疗都没有什么价值”。但皇子只是受惊过度，并无大碍，不久便痊愈了。
这次成功让高竹得到了康熙的宠信，此后，他又成功治疗了一些高级官员，也为康熙治疗过腰痛，为太后治疗过乳疮。被清朝末年的学者陈垣认为“为吾国人习西洋医术者之祖也”。
有趣的是，高竹任养心殿御医，以此身份在宫中行走，康熙赐他的头衔却是钦天监博士。
高竹在宫中行医不足两年便向皇帝请辞，并谢绝了康熙赐予住所的挽留。对于高竹离宫，葡萄牙耶稣会士评价说他“重银子而不重好评和荣誉”，嫌皇宫里并不能赚大钱而下海。这种评价显然不合中国国情，也不合高竹的身世——他幼年便沦为孤儿，流落澳门街头仍拾金不昧，这种品行打动了西洋失主，收养与之一同生活，并供其学习。
研究16-19世纪东西方交流史的董少新分析认为，高竹由方济各会士带回中国，回国后跟他们往来密切，而与葡萄牙耶稣会士的关系不是很好。他执意离宫恐怕与方济各会的安排有关，该会奉行在下层百姓中传教的路线，高竹正是他们需要的人才。而他遭到耶稣会士诋毁，正印证了这种猜测，亦从一个侧面反映了各传教会之间的矛盾。
最早的“中西医结合”
清朝早期来华的“西医”与今天人们常说的“西医”并不是同一个概念，后者指现代医学，而三百多年前的“西医”仅表示来自西洋的医学。它正处在欧洲传统医学向近现代医学蜕变的过程中，具备了一定的解剖学、病理学概念，也形成了成体系的医学教育和医疗制度，但大多数临床诊疗仍停留在中世纪传统里。
当时的西洋医生，诊断病人基本依靠观察、询问及把脉，与中医的望闻问切颇为相似；所用药物也多为草药、动物药、矿物药或这些物质的简单提炼，中国人不至于太感陌生。《红楼梦》里贾宝玉还提到过王熙凤用的“西洋贴头痛的膏子药”，叫做“依弗哪”。不过，仅仅是医学理论的截然不同都足以引起矛盾了，像康熙安排给卢依道的不少患者都拒绝他治疗便是一个典型例子；而多次接受西医治疗的乾隆重臣和也曾评价西医“与亚洲公认的概念完全不同，像是来自另一个星球”。
西洋医生们对中医也大多持否定态度，尤其是饱尝只信中医的中国人苦头的卢依道。他认为中医将有效的药方秘而不宣；中医开方也不是根据疾病，而是根据银子。卢依道也看不起中医的技艺，如熬制中药的方法，如中医不懂得服用泻药、放血等西方常见疗法。中医的教学机制更让他觉得匪夷所思，他评价道：在中国，一些人昨天还是石匠，今天就有可能成为医生。
卢依道也不待见中国的病人。他以为在中国行医的一大困难就在于面对的是这样一群患者：不管什么药，听说是有效的，立刻抓来吃，也不在意当天已经服用了其他药物，对药物的副作用及相互作用都缺乏认识。从他本人的经历，他还归纳道：如果医生治疗好了一些小病，便可以得到很高的评价，他用的药也被称为神剂；而如果治疗不好，无论以前治疗过多少疑难杂症，也会被贬到一文不值。
批评中医者绝不止在华失败的卢依道一人，多位传教士都批评过中医乱开方、乱收费的现象。西方传教士中最为待见中医药、向法国科学院介绍了大黄、三七、阿胶、冬虫夏草的巴多明（值得一提的是，他对冬虫夏草的记载早于中国人）也曾记录下一位中国官员的言论，说中医会无所顾忌地说谎，喜欢不懂装懂，如果病家质疑他们的药方，他们就会说一通“我们听不懂的粗野的话”。
出于这种难以沟通的感受，也出于伺候中国皇帝所面临的危险，在清宫效力13年的马国贤神父总结出了一套生存之道。他认为西医在宫廷中以治疗外科疾病为主，而“从来都不去充当内科大夫为皇帝服务”，如此，便规避了治疗内科疾病效果不好遭到皇帝惩处的风险。
不过，西洋医生也挖掘到一些中医药的长处，除了巴多明的作为，最为典型的莫过于殷弘绪研究人痘接种法。他认为缺乏解剖知识的中国医生开出这样的处方是令西方人惊讶的，并提出：“我觉得除非清楚地看到了他们所说的这一切是错误的、危险的，或会造成不良后果，还是应该相信他们的处方。”
服务于同一个皇帝的中西医们基本上是和睦相处的，在康熙的安排下，他们还有过数次合作。而在当时，就已经出现了“中西药合剂”，1707年，张诚神父利用多味中药和西药，配制成“肺胸舒丸”，来治疗康熙久治不愈的咳嗽——当然，那时的西药与现在所称的“西药”也不是一回事。
当西洋人生病时，康熙还会安排中医为他们治病，包括治疗西洋医生宝忠义、张诚的热病。西洋画师聂云龙患肩痛，康熙还让针灸御医前往治病，聂拒不肯受，康熙倒也没勉强。对于各家长短，这位皇帝的观点不甚稳定，他接触过西方解剖学知识，认为中医也有必要引入；但马国贤神父有一次在热河骑马摔伤，康熙又命一位满族医生给他治疗，因为“皇上和他的朝廷一致认为：治疗摔伤，满族骨科大夫比欧洲人更好”。
沦为权力的附庸
西洋医生入宫，与西洋天文学家、数学家入宫一样，都是为了迎合中国帝王的需求喜好，拉近他与天主教的距离，利用他的权柄，让基督教在中国顺利传播。可惜，传教士们显然高估了中国皇帝对西方科学的兴趣，低估了他们的宗教对维持王朝永固的危害，他们在投皇帝所好的同时，也把他们自己变作了中国权力的附庸，命运从此为君王安排。
在中国国门被西洋铁炮轰开前，对西洋医学甚至所有西洋科技心存兴趣的清朝皇帝只有康熙一人。皇帝有了这样的兴趣，葡萄牙、法国、意大利等多国传教士便纷纷借技入宫，以自己在历法、医疗、制造器皿方面的特长与他套近乎。1692年康熙颁布的容教诏令，亦夸奖西洋人为“治理历法，用兵之际，修造兵器，效力勤劳”，充分说明天主教正是靠这些奉献的技艺赢得了中国掌权者的好感。
在华传教士也非常看得起康熙这位君主，巴多明在康熙驾崩后写给法兰西科学院的信中，说他是“人们在许多世纪中才能见到一个的那种非凡人物之一”，说“向他介绍新的、尤其是来自欧洲的发现，简直是对他的奉承和讨好”。但即便是康熙，在天主教敢于攻击自己的统治根基时也绝不会客气。
对于来华天主教会而言，最为棘手的问题莫过于中国天主教徒是否可以参与祭孔、祭祖等祭祀活动。在华传教最力的耶稣会极力回避这个问题，他们解释祭孔是“敬其为人师范，并非祈福聪明爵禄而拜也”；祭祖则是“出于爱亲之义，依儒礼亦无求之说，惟尽孝思之念而已”。耶稣会还将这种解释上疏康熙，也得到了皇帝的认可。
耶稣会的解释即认定儒家并无宗教色彩，仅具有“单纯的社会与政治的意义”。但他们的解释并非一直为罗马教廷所采纳，拆其台者如托钵修会，便一直强调祭孔、祭祖应属于迷信，不同意天主教徒涉入其中。这场争论持续到1704年11月，教皇克勒门十一世发出了最严厉的祭孔、祭祖禁约，这一禁约又在华经过多方博弈，最终在1715年对中国天主教徒严示，将开除祭孔、祭祖者教籍。因为教廷的禁约，康熙赐予天主教堂的“敬天”匾额也未被悬挂，这恐怕是中国历任帝王头一次吃到一个宗教场所的闭门羹。
清廷没有理由放任天主教如此干涉本国的儒家礼仪，这不仅关乎颜面，也关乎国家统治的意识形态基础。1517年5月，广东碣石总兵奏请禁止天主教，康熙从之。这样一来，天主教的在华传播前景便更加黯淡，即使康熙是一个将西方技艺与宗教区分看待的皇帝，在禁教后仍然欢迎“会技艺之人”，仍不免严重削弱西方技艺来华的动力。
继任者雍正加强了康熙的禁教措施，也不再待见宫中的西医们。在他批闽浙总督满保奏折时，雍正把原奏“查得西洋人在各省大府县俱建天主堂居住，此等西洋人留居京城尚可编修黄历、治病及制造器皿”中“治病及制造器皿”用朱笔涂掉，改为“用于杂事”。其后的乾隆虽然对西洋人的态度较为缓和，但他热衷的是西洋美术为代表的舶来艺术，西洋医学在宫中的地位提升有限。到嘉庆一朝，清廷终于点明，西洋人是借行医之术传播天主教，明确禁止了他们研习医术，将在京的大量西洋人也予以驱逐，西医进京就此中止。
服务于权力中心也限制了西洋医学在传教士来华高峰时的传播。奉康熙命令，巴多明神父选择西方先进解剖学著作，译为满文，共九卷，康熙亲定书名为《钦定格体全录》，并摘译出三小卷汉文本。但无论是满文本还是汉文本，康熙都以为“此乃特异之书……不可任一般不学无术之辈滥读此书也”，严加看管，禁止有幸看书者带出或抄录。这样一来，解剖学就只成为皇帝独家的知识，有影无响；相较之下，日本《解体新书》的出版虽然要晚上几十年，但却迅速传播开来，以至于一百多年后的中国再想学习西方医学，请教的老师多是日本人。 附庸权力的传教方式未能达成目的，而这些传教士附庸权力的水平也实在不高明。康熙晚年的夺嫡斗争中，传教士与八皇子胤关系极好，多次为他诊治，还在其他方面协助，这恐怕也是雍正冷待西人的一个原因。
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