当胆管因结石梗阻、疤痕狭窄、肿瘤等原因引起阻塞时，外科医生常常将阻塞部位近侧的胆管和肠子直接接起来，使胆汁能经过这个接口直接流到肠内，就好像马路的一头阻塞不通后，在马路的当中另开一条便道一样，这种手术就称为胆肠吻合术。
胆总管空肠吻合术主要适用于胆总管有狭窄(外伤性或炎症性)的病人和肝内胆管结石的病人。胆总管下端癌肿不能作手术切除的病人，有时也可做这种手术。
将胆总管和空肠(小肠的上段)作“Y”形吻合，手术操作比较复杂、费时。但这种手术使胆总管的下面存较长的一段空肠专门用来输送胆汁，食糜逆流到胆总管内需经过较长的距离，故引起胆道感染的机会较小，这是本手术的最大优点。
